植物解剖学主要是研究植物的内部构造，通常是现生植物，从而可以了解植物体各部之功能。植物是高度演化，其结构上及功能上的特化，于植株外部反应了其身体的分化，在内部则反应于不同类别的细胞、组织、组织系统、器官等。早期的植物解剖学被涵纳在描述植物的外形及外部构造的植物形态学之中，大约在20世纪中期方被考虑为一独立的学门，具有专门的研究领域，并被认为是专门研究植物内部构造的科学。现代的植物解剖学经常是细胞层级的显微构造，即组织切片、显微镜学相关议题等。解剖学常常作如下的分类：依器官、组织、细胞等等作为研究主题。下列为常见的研究课题及相关的细胞及组织：通常以器官来作为较大的解剖学分支，较常见者如木材解剖学。植物体各部各具特色及功能，而又互为一体，加上可能各部位之间能互为转变，使得在解剖学里去区分细胞与组织等分类方法变得有些不合适，但以研究来说，这样的分类能提供我们去了解细胞与组织的分化机制，以及它们所处于植物体位置之关系，更深远地，可以去理解相似的或不相似的分类群之关系。1875年，J. Sachs 提出植物体内的三个组织系统：表皮系统、维管束系统、基本系统Esau, K. 1977. Anatomy of seed plants. NY: John Wiley and Sons. 550 pp.