清华大学医学院，是清华大学直属的一个学院，成立于2001年，第一任院长是两院院士吴阶平。2016年9月，董晨教授担任医学院院长。清华医学院下设基础医学系、临床医学院、生物医学工程系和公共健康研究中心，附属医院有清华大学华信医院、清华大学玉泉医院、北京清华长庚医院，教学医院则有协和医院、解放军总医院（301医院）、北京医院、中日友好医院、北京积水潭医院、北京神经外科研究所（天坛医院神经外科）。2016年12月，成立临床医学院。生物医学工程系，在1979年创办的电机系生物医学工程专业基础上成立。本科学制4年，以电子技术系列课程为主干。2001年至2008年，临床医学系与北京协和医学院紧密合作，开设临床医学专业，学制8年，医预阶段（2.5年）在清华本部，基础医学和临床医学在协和医学院，完成学业后获得医学博士学位。2009年，开设医学实验班，学制8年，采用“3+2+3”的培养方案，3年清华基础课程，2年匹兹堡大学科研训练，3年协和医院临床实习，完成学业获得医学博士学位，办学目标为培养医师科学家。临床医学系同时拥有外科学、内科学硕士研究生。基础医学系于2012年11月10日上午正式成立，按照转化医学的发展，研究膜蛋白与重大疾病、表观遗传与癌症、干细胞与再生医学、神经科学与疾病、免疫与传染病等领域。药学系于2012年11月10日上午正式成立，定位于应用基础研究，研究药物化学、肿瘤药理学、离子通道与痛觉药理学、药物制剂及药物递送、药物代谢与毒理等领域。2015年12月25日，成立清华大学药学院。北京华信医院（清华大学第一附属医院），院长吴清玉。清华大学玉泉医院（清华大学第二附属医院），院长左焕琮。北京清华长庚医院位于天通苑，由台湾长庚纪念医院及台塑集团支持建设合作。