基因的自由组合定律，或称基因的独立分配定律，是遗传学的三大定律之一（另外两个是基因的分离定律和基因的连锁交换定律），由奥地利遗传学家孟德尔（G.J.Mendel，1822－1884）经豌豆杂交试验发现。其内容为：非同源染色体上的决定不同对性状的基因在形成配子时等位基因分离，不同对基因（非等位基因）之间互不干扰，独立组合。孟德尔在做两对相对性状的杂交实验时发现，基因分离比为9:3:3:1。（见右图）。这一结果表明，它是由两对基因分别由基因的分离定律独自分离的比例3:1产生的。 在真核生物中，自由组合在减数第一次分裂时发生。适用于对包含有两对及其以上相对性状的遗传现象的分析。