截至2019年，中华民国福建省法理上辖有两个二级行政区，全数为县，分别为金门县和连江县。其中，前者是中华民国福建省最大、人口数最多、人口密度最大和下辖三级行政区数最多的二级行政区，面积为151.6560平方公里，人口共139,273人，人口密度为每平方公里918人，下辖6个三级行政区（3乡、3镇）；后者则是中华民国福建省最小、人口数最少、人口密度最小和下辖三级行政区数最少的二级行政区，面积为28.8000平方公里，人口共13,056人，人口密度为每平方公里453人，下辖4个三级行政区（4乡）。中华民国福建省的两县皆由离岛组成，故全境皆被海洋包围。中华民国福建省的行政区划可追溯至秦朝。秦朝曾在福建设置闽中郡，使秦朝成为首个在福建设立行政机构的中国政权。惟秦朝并未能对福建实施直接管辖，使福建地方政权作为秦朝的实际藩属国而存在。汉昭帝始元二年（前85年）立为冶县，东汉改为东侯官，260年设建安郡，282年设晋安郡。南朝时设南安郡，治南安，后设闽州和丰州。隋朝开皇元年（581年）废郡，改丰州为泉州，大业初年更名为闽州，大业三年（607年）又废州改设为建安郡。唐朝武德元年（618年）建安郡改为建州，治闽县（今福州）。武德五年设置丰州，治志安，武德六年分设泉州，治闽县；贞观初年丰州并入泉州；垂拱二年（686年）析出泉州南部设置漳州，治漳浦（今云霄）；圣历二年（699年）泉州析地设置武荣州，治南安；景云二年（711年）武荣州更名为泉州，治晋江，改泉州为闽州，治闽县（今福州）；开元十三年（725年）闽州更名为福州；开元二十一年（733年）设福建经略使，“福建”一词始出现；天宝元年（724年）改属江南东道，改福建经略使为长乐经略使；乾元元年（758年）以长乐郡为福州都督府，经略使改为都防御使；上元元年（760年）升格为节度使。后梁开平三年（909年）封王审知为闽王；贞明六年（920年）在福州设立大都督府；长兴四年（933年）福州升为长乐府；开运二年（945年）改长乐府为东都。宋朝时置福建路，下辖福州、建州、泉州、漳州、汀州、南剑州六州及邵武、兴化两军，又称“八闽”。南宋绍兴三十二年（1162年），建州升为建宁府。宋末，福州升为福安府，兴化军升为兴安州。元朝至元十五年（1278年）置福建等处行中书省治福州路，寻更名泉州行省徙泉州路，十七年（1280年）复置福州行省，同年省入泉州行省，后又分置福建行省，二十年（1283）省泉州行省并入福建行省，又一度省入漳州，二十一年（1284年）省福建行省并入江浙等处行中书省，置分省于泉州路；寻复置福建行省治福州路，二十八年（1291年）改置福建道宣慰司并入江西等处行中书省，二十九年（1292年）复置福建行省。大德元年（1297年）更名福建平海等处行中书省徙泉州路，又复为福建行省复治福州路，三年（1299年）罢福建行省为福建道宣慰司，改属江浙行省。至正十六年（1356年）改置福建等处行中书省。福建等处行中书省置福州路、建宁路、泉州路、兴化路、邵武路、延平路（原名南剑路）、汀州路、漳州路八路。吴元年（1367年），福州路、邵武路分别改置福州府、邵武府。明朝洪武元年（1368年），泉州路、建宁路、延平路、汀州路、兴化路、漳州路分别改置泉州府、建宁府、延平府、汀州府、兴化府、漳州府；二年（1369年）置福建行中书省，治福州府，辖福州府、泉州府、建宁府、延平府、邵武府、汀州府、兴化府、漳州府；九年（1376年），福建行省改置福建等处承宣布政使司。成化九年（1473年），福宁州升为福宁直隶州，福建等处承宣布政使司时辖八府一直隶州。清沿明制，以为省，省治福州府。民国元年（1912年），福建省政府成立，全省并划分为东路道、南路道、西路道、北路道4道。民国三年（1915年），以原辖区改为闽海道（闽东）、厦门道（闽南）、汀漳道（闽西）及建安道（闽北）。民国十四年（1925年），废除道制，实行省、县两级制。民国22年（1933年），十九路军在福州发动“闽变”，成立中华共和国人民革命政府，定福州为首都，将福建划为闽海省、延建省、兴泉省、龙汀省4个省和福州、厦门两个特别市，辖64县。民国23年（1934年），人民革命政府解散，福建省政府成立，同年7月实行行政督察专员公署制度，将全省划分为10个行政督察区公署，仍辖64县。民国24年（1935年）设立厦门市。民国27年（1938年），福建省政府迁往永安，全省行政区划为7个行政督察区、1市、62县、7个特区。民国30年（1941年），福州沦陷，第一区专署迁往福安。民国32年（1943年）全省行政区划调整为8个行政督察区、2市、64县、2个特区。民国34年（1945年），省政府迁回福州。民国35年（1946年），福州市正式成立，全省行政区划调整为9个行政督察区、2市、66县。民国36年（1947年），全省行政区划调整为7个行政督察区、67县、2市。民国37年（1948年）后，中华民国政府在第二次国共内战中渐趋劣势，福建省多数县市皆遭到中国人民解放军攻占。民国38年（1949年）10月17日，中华民国国军自动放弃厦门，集中兵力固守金门。同月，福建省政府由军方全面接管，实行军管制度，停止金门、东山及马祖的县制，改设民政处管辖地方行政。民国39年（1950年）3月成立金门及马祖两军管区行政公署，代理原来的金门、连江、长乐、罗源以及莆田等五县实际辖区之政务；5月，国军撤离海南岛，并主动放弃舟山群岛，15万国军及大量物资转运台湾。民国44年（1955年）1月18日，解放军发起一江山岛战役，1月19日攻占一江山岛。1月20日，福建省政府于金门恢复建制，并于马祖设立闽东北行政公署，管辖连江、长乐、罗源3县之政务。一江山岛陷落后，大陈岛等浙东沿海地区陷入不利；中华民国政府经多方评估后，决定放弃浙江沿海剩余岛屿，集中力量防卫台澎金马，至此中国大陆沿海仅剩下福建沿海的金门、马祖由中华民国控制。民国68年（1979年），考虑到当时国际环境，解放军停止对金门炮击。民国107年（2018年），时任行政院院长赖清德进一步决议省级机关去任务化、预算归零，所存省级行政组织及业务完全移交中央政府。福建省政府实质上解散，仅依照宪法增修条文保留福建省政府之机关名号及福建省政府主席之无给职职位。同年12月，福建省政府之行政组织及业务由行政院金马联合服务中心接收。自此以后，中华民国福建省的实体省级机关正式走入历史。注：本章节表列之区域代码系为户役政资讯系统资料代码，而非已停止适用之中华民国各省（市）县（市）行政区域代码或中华民国行政区域及村里代码，资料来自内政部户政司；县市旗、县市徽及下辖三级行政区数资料来自内政部及各地方政府官网；面积、人口数及人口密度资料来自内政部统计处发行之《内政统计月报》，面积的单位是平方公里（取至小数点下第4位），人口的单位是人，人口密度的单位则是人/平方公里（取至个位），数据以2018年（民国107年）12月底为准。中华民国福建省共有2个县。连江县马祖天后宫连江县东引岛灯塔金门县金城镇市区金门县清金门镇总兵署金门县国立金门大学综合教学大楼