行政院农业委员会渔业署（简称渔业署），缘于成立于1984年的“行政院农业委员会渔业处”。是台湾渔业事务的中央主管机关，下辖渔业广播电台。预计配合农委会改制为农业部后，更名为“农业部渔业及保护署”，并将署本部由高雄迁至台北，并另设南区分署。