系统药理学（Systems pharmacology）系将系统生物学知识应用到药理学中而产生的一门学科。该学科旨在阐明药物如何作用于肌体的各系统。和用一种特殊的蛋白质-药物反应来评价一种药物的药效不同，系统药理学认为药物通过形成相互作用网络起效。1992年在中华人民共和国的全国中西医学术会议上，B.J Zeng发表了一篇关于系统医学以及系统药理学的文章。相互作用系统可能会包括药物—蛋白质、蛋白质—蛋白质的相互作用，以及遗传学的、信号的，以及生理学上的相互作用（在细胞、组织、器官、个体水平上）。系统药理学使用生物信息学和统计学的手段来整合、阐释药物相互作用的网络。系统药理学可以应用于药物安全领域，作为对药物流行病学的补充。EU-ADR已成功将系统药理学纳入他们的信号实体化流程之中。