台北市政府卫生局（简称卫生局），1946年成立，是台北市政府所属的一级机关。1945年，台北市政府暂于台北市警察局设“卫生课”，接管台北市役所卫生课。1946年6月，台北市警察局卫生课独立为台北市卫生院，设于今台北市中山区长安西路15号（台北市政府卫生局旧址），直属台北市政府，下设四股（分掌医政、保健、防疫及总务），附设诊疗室、试验室，附属机关为稻江传染病医院、火葬管理场、牲畜屠宰场、市立各科医院及清洁联合社。1967年7月1日，台北市改制为直辖市，台北市卫生院改为台北市政府卫生局，下设六科四室（第一至六科、技术室、检验室、主计室、人事室），附属机关为台北市立医院、台北市立妇产科医院、台北市立传染病院及十区卫生所。1993年初，台北市政府卫生局下设七科八室（第一至七科、技术室、检验室、资讯室、统计室、秘书室、会计室、人事室、政风室），附属机关为台北市立中兴医院、台北市立仁爱医院、台北市立和平医院、台北市立妇幼医院、台北市立阳明医院、台北市立忠孝医院、台北市立中医医院、台北市立疗养院、台北市慢性病防治院、台北市性病防治所及十二区卫生所。1994年，因应台北市政府迁出台北市政府旧厦，台北市政府卫生局迁入万华区西门町附近。1998年5月4日，台北市政府公告，长安西路台北市政府卫生局旧址为市定古迹。2005年1月1日，台北市政府卫生局下设五处七室，附属机关为台北市立联合医院及十二区健康服务中心。