日琉语系，或者称作日本－琉球语系，是学者提出的一个语系，包含日语和琉球语两大分支。日琉语系这个概念由美国的日本学者Leon Serafim提出。日琉语系的所有语言的祖语都是原始日本语（Proto-Japonic）。服部四郎认为，日本语和琉球语分化的时间为大和时代。日琉语系这一概念受到国际语言学者的普遍接受，但在日本学者中有争议（日语：日本語の起源），有些人将它们认为都是日语的方言，称之为本土方言和琉球方言，但大部分语言学家认为日语和琉球语是两个属于同语系但有很大区别的语言，各自有各自的方言。日琉语系与其它语言和语系的关系到目前为止并不确定。关于日琉语系学者们提出过许多理论，但目前并没有一个是被普遍接受的，而且其中有部分理论甚至存在相当大的争议。持阿尔泰超语系假说的人认为日语与阿尔泰语系也有关，如与朝鲜语、蒙古语的语法、语音有相似性，但至今基本上没有任何实质证据。南岛语与日语也有类似点：元音（母音）有5个，即あ（a）、い（i）、う（u）、え（e）、お（o），不使用双重元音；单词以元音结束；浊音不同于单词之首等。这表明，使用“南岛语”的东南亚的一些民族，有可能对日本民族的构成曾发生影响。但因为没有同源词汇，一般并不认为日本语系属于南岛语系的分支，而只是可能受到了一些影响，如同汉藏语系对东南亚南岛语系的影响（声调，语法等）。而乌越宪三郎等人认为认为日本人的主要成分应与傣族或哈尼族有同源关系，主要证据是体质上的诸多共同点，例如：青绿色胎斑、血型A型占多数等，而语言上的证据则需等待古傣语等语言重建后方能进行进一步比对。根据比较语言学的成果，日语、琉球语和高句丽语、百济语等扶余语可能同源。分子人类学新近研究成果也推定日本O2b父系基因可能来自朝鲜半岛一带《星界的纹章》中所用的人工语言亚维语亦被其作者归入本语系里。