遗传工程武器（genetic engineering weapon）又简称基因武器，即为透过分子遗传学以及合成生物学的技术，以重组DNA的方式将基因混合以及结合的方式制造的生物武器，目前处于概念阶段尚未有国家公开装备。基因武器理论有一大特点是可以进行针对性种族灭绝，不只是杀伤人类而是特定族群人类甚至包含遗传其后代，然病毒当然无法区别军人与平民，而是全面灭绝类似恐怖主义所以有道德争议。

基因混合的方式例如苏联于1970年代在俄属中亚咸海附近的“复兴岛”（Vozrozhdeniye）成功地将“鼠疫”与“天花”结合在一起，亦即如果患者感染这种“Plague-pox”就会先出现鼠疫的症状，例如全身淋巴腺发炎、红肿、压痛且可能流脓，也会有发烧现象。在感染后3—8天会出现倦怠感、寒颤、发烧等现象。

但是鼠疫发病后期就会出现天花的症状，例如脓泡。脓泡出现后，会因为皮下出血而导致皮肤变黑，患者多数会因此死于内脏出血、感染其他并发症、或是多重器官衰竭。这种生物武器的可怕在于鼠疫与天花均为潜伏期长的重大流行疾病，亦即带原者发病前已经造成大规模的传染与散布，其后发病时，病患的唾液与分泌物又会再一次造成大规模的传播。目前此疫病并无疫苗可资对抗，亦无药物可以治疗；更令人毛骨悚然者，即为自1990年代苏联垮台后，军方各单位均因经费大幅衰减而出现人员逃役，武器遗失等重大管理缺陷与疏失，此病毒株与技术资料亦然。但至今没有在世上传出有类似病情或武器，所以当年的研发是否真的成功暂时无法考证，也有可能是成功但已经被彻底销毁。

基因结合的方法如下：例如改变流行性感冒病毒株（主要是以甲型（A型）流感病毒株为主），令其产生结合眼镜蛇毒液的化学键，因此带原者发病后除了流行感冒的症状产生之外，例如会有发烧头痛、咳嗽、肌肉痛（以背部和腿部最为明显）、疲劳感、胸部不适，鼻塞打喷嚏，以及喉咙剧痛之外，在病发后期也会出现遭到眼镜蛇以毒液攻击后的症状，比如严重视力障碍、晕眩、嗜睡及麻痹等症状，最后患者亦如伤者一样产生心脏血管系统崩溃并且陷入昏迷，最终会因呼吸衰竭而死亡。

理论上最完美的武器是利用基因具有分别物种的功能，尽管灵长目人科黑猩猩属（Pan）与人属（Homo）在基因上有极大相同之处（黑猩猩的染色体除了第22对和额外的一对，其他的都与人相近），但是经过DNA定序之后，基因武器即可以定序后的基因码，排除各物种之间的基因差异，然后针对特定族群进行攻击导致发病，或者降低一定的免疫力以致于容易死于轻微的生物感染。

另外终极基因武器还可改变策略，利用遗传学中的种系发生学及遗传系谱学改变被攻击对象的基因，以致于被攻击的对象出现绝育或产生严重缺陷的后代子嗣。由于现代民族国家的形成与漫长历史的文化聚居现象有关，所以同一国家的人可能大部属于同一基因意义人种，所以基因甄别型病毒一旦施放是有可能对敌国重大杀伤而己方就算感染也只有轻度死伤，成为一种有军事意义的战略武器。

2017年11月叙利亚内战逐渐走向终结，ISIS组织也遭重创，俄罗斯与当地什叶派力量的结盟战略在3年间几乎挫败了美国所有计划，中东影响力大增并使土耳其等若干逊尼派美国盟国，也开始调整为中间立场略为亲俄。

然而在一场莫斯科会议上普京突然提出有人正在搜集俄罗斯人的基因特征，并暗示是要制造基因武器对俄罗斯种族灭绝，此番论据引起轩然大波，然而随后的俄罗斯最大门户网站民调显示，多数俄国人民相信确有其事，且认为就是美国意图进行基因武器的种族灭绝，而公开资料显示7月份时美国空军的一个小型后勤教育部门突然开标一个怪异的采购计划，需要12个人类基因和24个人类滑膜样本，而指定要俄罗斯人种和欧罗巴人种(俄籍占多数)，多数民众没有人相信美国是要研发什么新药帮俄国人治病，那唯一解释就是基因武器。

2016年10月21日科技部对于苏州药明康德新药开发公司祭出处分决定书，根据《人类遗传资源管理暂行办法》第四条、第十六条开罚，未经许可将5165份中国人遗传资源(血清)以动物血浆的名义诈欺海关部门，意图出口，决定书送达起科技部终止该公司国际合作和出境活动的申请，没收并销毁所有查获血清，另处罚款。公司方说法则是个别员工的个人行为，并在招股书中有公示过并无隐瞒。

人类遗传资源管理法规趋紧与国际传言甚久的基因武器研发有关，理论上有可能研发一种病毒针对特定民族强化杀伤力，例如SARS病毒阴谋论，全球感染人数共8437例而中国受感染人数有7764例，占比高达92%，而汉族独有的O-M175基因似乎被SARS锁定，西方的盎格鲁撒克逊族群却几乎没有一人中SARS，时至十多年后依然有论点认为这是天然状况的几率近于零，实质是人为基因武器的阴谋论在传播。虽然长期处于国际传言阶段，但俄罗斯总统普京在2017年10月30日俄罗斯人权委员会议上首次公开宣称，有人正在系统收集俄国人生物资料，意图制造基因武器，让这一传言首度公开由世界大国口中台面化。此次事件与药明康德在美国上市和与美国制药厂的关系做出联结，导致其替外国制作基因武器的流言在网上传播。