肃清大屠杀（又称大检证）是日军在第二次世界大战中占领新加坡和马来西亚时一个针对当地华人与反日分子有系统的种族清洗。虽然在1946年已经有人用“肃清”来形容这个大屠杀，新加坡的华语刊物在1980年代才开始广泛地使用此名词。

英军在1942年2月15日于新加坡向日军投降后，日军当局开始关注当地的作为重要经济支柱的华人，而且，有些有钱的华人更在经济上支持蒋介石的国民政府抵抗日本。日军发现马新的华人都是亲中国或英国的。由辻政信中佐带领的日占领军政府便采取了一个消除反日分子的政策。

日军当局将以下定为“不欢迎的分子”：

在新加坡，日军当局在多个地方设立“甄别中心”。他们的计划是甄别所有介于18至50岁的华裔男性，将所有的“反日分子”铲除。在甄别中心有多部货车负责带走有嫌疑的华人，将他们带到偏僻的地方枪杀。辻政信是参与者之一，有证言称辻政信说过“要新加坡华人减半”。

在马来西亚，日军当局没有那么多时间和人力来甄别当地所有分散的华人社区。虽然日军当局使大家以为它们尝试过甄别游击队分子，有很多地方的人民都被无区别地大规模杀害。

因为日军承认他们无力处死达5万个星马华人，加上日军在东南亚其他地方的战事使它们的资源吃紧，所以日军在3月3日终止了这个华人大屠杀行动。

因为侦查的时候没有记录的关系，没有人知道真正的伤亡人数。但是日本和南洋两方都有不同的总数。日本的官方数字是5000人，新加坡总理李光耀的数字是可证实的有五万人，估计数字是九万人。战后的审讯中的证据提出的数字是约25,000人至50,000人左右。

在1947年，新加坡英政府设立了一个军事法庭来审判策划肃清大屠杀的军方官员。7个新加坡日占军事政府的官员被指控策划肃清大屠杀。据说，策划者（辻政信）逃脱了战争罪犯和不得不遵循辻政信命令的军官（日本二战投降后，辻政信透过蒋介石躲避英军的搜捕，由军统机关安排，辗转经河内、重庆于1946年7月1日到南京，被安排在国防部第二厅“第三研究室”办公。辻政信于1948年5月26日回到日本以后，四处躲藏，直到1950年1月1日驻日盟军总司令部（GHQ）宣布战犯搜索结束以后，辻政信才敢公开露面）。其中的两个被判死刑，其他的5个被判终身监禁。被执行的是河村参郎的队长和军事上尉大石正幸, 他们两人都没有计划屠杀，但他们不得不服从辻政信的命令。这个法庭接受了纽伦堡法庭所没有接受之“听从命令”的辩护。虽然华人社区要求殖民政府在当众处死这两个军官，但是英政府只让6个受害者的家人去看。被判死刑的军官在1947年6月27日被处死。虽然当地华人极不满，英国的星加坡政府认为肃清大屠杀告一段落而没有再向日本要求赔偿。

但是，新加坡脱离英国殖民统治以后，另一股新的反日情绪又兴起。日本外交部在1963年拒绝新加坡政府的要求。日本的理由是1951年的《旧金山和约》已经就英国（和它的殖民地）的赔偿作出了和解。但是总理李光耀作出回应，说英国殖民政府不可以代表新加坡人的声音。在1963年9月，新加坡的华人开始了一个罢买日货的活动，但是他们经济上只可以维持7日。

新加坡在1965年8月9日脱离马来西亚联邦，成为一个独立主权国后，新加坡政府再一次向日本政府要求赔偿和道歉。在1966年10月25日，日本政府同意向新加坡政府赔偿5000万美元，其中一半是津贴，而另一半是借贷。但在这个赔偿中日方并没有作出官方道歉。

今日在新加坡市中心的战争纪念公园，建有“日本占领时期人民纪念碑（日语：Civilian War Memorial）”以纪念这段历史。