日本禅宗，是镰仓时代自中国传入的大乘佛教禅宗宗派，由于获得镰仓幕府支持，形成日本历史上特有的佛教禅宗系统。在西方世界，日本禅宗和藏传佛教是最具有影响力的佛教流派，“禅”字也常以日语发音译为“Zen”，与中国汉地的“Chan”作区分。

幕府以日本武士的领导者身份，取代平安时代的公家贵族执政，幕府将军崇尚以“忠君、节义、廉耻、勇武、坚忍”为核心的思想，结合儒学、佛教禅宗、神道教，形成日本武士阶层的道德规范“武士道”。

日本的茶道、插花、武术、传统文学等，皆受到日本禅宗很大的影响。

1187年，日僧明庵荣西于中国受传临济宗黄龙派心印，归国后大兴临济宗禅法，1202年创建京都建仁寺。

1246年，南宋禅师兰溪道隆至日本，传入临济宗杨岐派禅法，并于1253年创建镰仓建长寺。

1223年日本道元禅师入宋，从学于天童山曹洞宗如净禅师门下，传回日本，1246年建立永平寺，提倡“只管打坐”，为日本曹洞宗的开始。今人圣严法师，即为曹洞传人。

日本禅宗现主要有曹洞宗、临济宗、黄檗宗（1654年福建临济宗黄檗山万福寺隠元隆琦应邀赴日所传）。

20世纪初，铃木大拙向西方传播禅宗思想。铃木大拙所传播的禅宗思想更多是一种生活哲学，而非世界观哲学，更适合大众口味。

另外除了传统的宗教、哲学研究之外，日本还有一批民间的文艺界人士宣扬他们理解的“禅”，例如地下音乐界的噪音禅等。