索马里国旗自1954年10月12日起启用，由该国开国总统穆罕默德·阿瓦勒·利班设计。2012年8月1日，索马里政府改用蓝色深度进行加深后的新国旗。

根据利班所说，为纪念联合国协助索马里从意大利独立，此国旗的设计与联合国旗帜相似。

国旗上五角星的五角分别代表索马里人聚居地在殖民地时期被瓜分成的五个区。

英属索马里兰1903年－1950年

英属索马里兰1950年－1952年

英属索马里兰1952年－1960年

意属索马里1890年–1936年

意属索马里1936年–1960年

联合国1945年–1947年

索马里兰国1960年

索马里共和国、索马里民主共和国1960年–2012年

奥达兰

朱巴兰

西南索马里

希曼和赫布

加勒穆杜格(2013-2016)

加勒穆杜格

卡图莫

邦特兰

索马里兰（本身不承认）

西邦特兰

马科希尔2007年7月1日至2008年5月1日

马科希尔