澳门特别行政区司法机关由两部分组成：法院和检察院。

各级法院的法官是根据由法官、律师和其他知名人士组成的独立委员会推选，再由澳门行政长官任命。选用法官以其专业资格为标准，符合标准的外籍法官也可以聘用。目前有数名资深葡萄牙人法官在各级法院工作。各级法院院长由行政长官从法官中选出。

法院为三院三审制，分别为第一审法院、中级法院和终审法院。首长为终审法院院长，由澳门永久性居民担任。现任终审法院院长为岑浩辉。

（初级法院刑事法庭）澳门何鸿燊博士大马路347号初级法院刑事大楼
（行政法院）澳门南湾大马路517号南通商业大厦22楼B-C座
（中级及终审法院）澳门四月二十五日前地终审及中级法院大楼

第一审法院由初级法院和行政法院组成。

现今初级法院设有三个民事法庭及五个刑事法庭，另外还设有轻微民事案件法庭及刑事起诉法庭（澳门继续保留原刑事起诉法庭的制度）。澳门司法组织纲要法规定，将来可根据需要，设劳动法庭和家庭及未成年人法庭，或其他若干专门法庭。

澳门特别行政区检察院是行使检察职能的司法机关，职责是在法庭上代表澳门特别行政区政府。首长为检察长，现任为叶迅生。

澳门检察院为一院三级建制，分别为检察官、助理检察长及检察长三级，对应法院的三级建制。检察院独立行使法律赋予的检察职能，跟法院一样，不受任何干涉。

检察长由澳门永久性居民担任，行政长官提名，报请中华人民共和国国务院任命。检察官由检察长提名，行政长官任命。

检察院的组织、职权和运作由法律规定。三名资深葡人检察官现时受聘于检察院，其中一人担任助理检察长。

《第1/1999号法律》（通过《回归法》）附件四第三款规定，任何“澳门法区法院”、“普通管辖法院”、“平政院”、“高等法院”及“检察官公署”等名称或词句，应相应地解释为澳门特别行政区法院、初级法院、行政法院、中级法院及检察院。