1988年马来西亚司法危机（或称为1988年马来西亚宪政危机）是指一系列发生在马来西亚的宪政危机，其可追溯到1987年巫统（UMNO）的党选开始，直到最高法院主席（Lord President of the Supreme Court）沙列阿巴斯（英语：Salleh Abas）以及2位最高法院大法官被革除职务为止。马来西亚联邦政府依据《马来西亚联邦宪法》奉行三权分立制度，而最高法院作为司法的最高机构，在1988年司法危机前相当独立，其运作完全不受行政机构以及立法机构的干扰。普遍上被人们认为是司法机构独立终结的时代是在马来西亚时任总理马哈蒂尔于1988年5月革除最高法院主席沙列阿巴斯的职务后开始。此次事件也导致了马来西亚的三权分立精神自此名存实亡。
自1988年以来，马来西亚联邦政府前后曾被多次要求对这起司法危机期间其所作出的决定给予解释和审查。2008年，新上任的法律事务部长再益·易卜拉欣（英语：Zaid Ibrahim）说，联邦政府必须向那些被解雇的法官公开道歉，并称联邦政府在1988年期间所作的决定“不适当”。不久之后，时任总理阿卜杜拉·巴达维将这起司法危机称为“国家至今从未恢复过的危机”，并宣布对被解雇和中止的法官给予特惠赔偿。
1987年，巫统（当时的执政联盟国民阵线的最大成员党）举办党选。本次党选也是十二年以来第一次，现任党主席马哈蒂尔面对来自东古拉沙里的挑战。这场激烈的党选将会有1,500名来自全国各地的巫统支部代表，共同选出巫统的新一任党领导层。在党选结束后不久的巫统大会上，有传言称东古拉沙里将获胜。然而，官方的结果显示马哈蒂尔以微差43票（即761票对718票）胜出。同属马哈蒂尔派系的副主席候选人之一加法尔·巴巴也成功击败了来自拉沙里派系的慕沙希淡（英语：Musa Hitam），巫统最高委员会的25个席位中的16个也由马哈蒂尔派系继续牢牢掌控。
东古拉沙里的支持者对党选感到不满，而马哈蒂尔在改组内阁后将所有东古拉沙里派系的内阁成员从内阁中革职。不久后，12名巫统党员向高等法院提出诉讼，要求法院命令巫统领导层撤销党选结果。控方指称，78名参与投票的代表是由那些没有在社团注册局登记的巫统支会挑选的，依据社团注册局法令，他们并没有资格投票。此外，控方也声称巫统内与党选有关的某些文件被“篡改”。尽管东古拉沙里并不是十二名原告之一，但普遍相信他从后支持这起诉讼。
案件审讯期间，12名原告中其中一人退出了案件，而高等法院最终给了两方在两周的期限内达成庭外和解。此后，巫统最高理事会宣布成立“巫统团结小组”（"UMNO Unity Panel"）处理此次纷争。然而，来自东古拉沙里派系的党员与来自马哈蒂尔派系的党员无法就纷争达成共识。其中东古拉沙里要求举行重选，但马哈蒂尔坚持不让步并称如果该11名党员愿意撤销控状，他们将可继续留在巫统内。于是，庭外和解的谈判宣告破裂，11名原告要求法庭做出裁决。
11名原告的决定相对而言不利于马哈蒂尔，这是因为他先前曾以行政机构首脑的身份多次与司法机构发生冲突。在这之前，马哈蒂尔也曾因撤销两名批评联邦政府的外国记者的工作许可证被最高法院裁定违法。于是，马哈蒂尔开始对司法机构进行激烈的批评和抨击。
马哈蒂尔还抨击“那些Black Sheet（指大法官）……想成为……非常独立的人”，指责他们（大法官们）玩弄舆论。紧接着在这一声明之后，联邦政府再次向不同部门分配了几名高等法院法官，其中包括当时正在审讯巫统案件的法官哈伦哈欣。但是，由于案件审讯仍在进行中，因此哈伦哈欣的任命在案件结案之前不会生效。
哈伦被迫就“巫统十一”（"UMNO 11"）的案件作出最后的裁决。虽然控方提出的大多数证据都没有争议，但巫统领导层的辩护律师认为，“巫统内并非所有可能的补救措施都已经用尽”。然而，控方坚持认为，该次党选至少有30个未或社团注册局注册的支会派代表参加巫统党选，而这足以使党选结果无效。最终，哈伦哈欣以1966年社团法令（英语：Societies Act 1966）第41条文驳回起诉，该法令规定任何社团如果其任何分支机构未在社团注册处登记，就会自动变成“非法”。因此，哈伦哈欣法官裁定巫统是“非法政党”，这也表示任何在1987年由巫统所举办的党选都均为无效。此外，哈伦哈欣法官也在他的判词中抨击马来西亚国会试图左右他的决定。
法院的裁决公布后，马哈蒂尔立即向所有巫统党员保证，法院的判决只是“轻微的技术性问题”，巫统将很快恢复到合法地位。此外，马哈蒂尔也向马来西亚民众表示法院的判决丝毫不影响他作为总理的地位，除非国会通过对总理的不信任动议方能促使他离职。
在法院所宣判巫统为“非法政党”后的两周内，马哈蒂尔宣布社团注册局已批准新巫统（UMNO Baru）的注册。新巫统的领导层几乎完全由马哈蒂尔派系的党员组成，而他们也在接下来的几个月时间将“旧巫统”的资产等转移到新巫统。“巫统十一”也向最高法院提出上诉，要求最高法院让“旧巫统”举行新的党选并恢复其合法地位。但是，他们的上诉遭最高法院驳回。东古拉沙里随后决定组建一个以“1946年的精神”为重点的新政党（1946年为巫统成立的那一年）。而新巫统后来决定将该党名称从“新巫统”更改为“巫统”，并声称自己是巫统的真正继承者。东古拉沙里则宣布新党的名称为“四六精神党”（"Semangat 46"）。
“巫统十一”案件只是其中一个令马哈蒂尔和政府不满司法机构的事件。上诉所提到的马哈蒂尔撤销两名外国记者的工作许可证事件可追溯到1980年代。当时来自亚洲华尔街日报的2名记者（分别是约翰伯特尔森和拉斐尔普拉）撰写了一系列有关马来西亚政府官员的道德问题和可疑的法律性质的金融交易的文章。之后，发表这些文章的两名亚洲华尔街日报记者立即被政府禁止出境，马哈蒂尔更以总理兼内政部长的身份取消了这两名外国记者的工作许可证。然而，最高法院裁定马哈蒂尔取消两名外国记者的工作许可证属非法和无效的，亚洲华尔街日报的出版禁令也随即被最高法院撤除。在另一起案件中，最高法院使用了宪法所赋予其司法审查的权力，取消了国会通过的刑事诉讼法（Criminal Procedure Code）的修正案，该法案修正案赋予总检察长拥有在高等法院提起刑事诉讼的权力，而无需先到裁判法院。在茅草行动后，联邦政府曾根据内安法令拘留了几名未经审判的政治异议人士。高等法院随后因政府的拘留方式等争议，接受卡巴星的申请，谕令政府立即释放这些政治异议人士。
随后一周，马哈蒂尔正式向国会下议院提呈一系列的宪法修正案，这些宪法修正案皆要削弱和剥夺宪法中“联邦司法的权利”所赋予最高法院的权利。新的宪法修正案限制最高法院只能行使“国会所批准的司法权力”。经过多日的会议后，宪法修正案获得国会相对多数（三分二）议员支持，达修宪门槛，顺利通过。自此，马来西亚的三权分立精神名存实亡。
在国会通过修宪前，最高法院主席沙列阿巴斯（英语：Salleh Abas）受到其他法官的压力，要求对政府的行动作出回应。于是，沙列阿巴斯决定和全体最高法院以及高等法院的20名法官在首都吉隆坡召开一场会议商谈如何回应政府的行动。在会议上，法官们一致通过同意不公开回应马哈蒂尔对司法机构的批评。相反，他们决定由最高法院主席撰写一封机密信件给最高元首陛下和马来统治者殿下们以表达了他们的处境和不满。该信函指出，司法机构一直在马来西亚的三权分立精神下扮演着平衡权利的重要角色，大法官们对总理马哈蒂尔因反对司法机构所作出的各种抨击和指责表示失望，但他们并未要求马来统治者们对政府采取具体行动，而是希望这些所有针对司法机构所做出的毫无根据的指控应被立即停止。
1988年，最高法院主席沙列阿巴斯被时任总理马哈蒂尔以不正当行为为由控上仲裁庭。本次的审讯由仲裁庭法官敦哈米德奥玛主持审理。随后，沙列阿巴斯向吉隆坡高等法院提起诉讼，质疑仲裁庭是否有权审理最高法院主席以及其合宪性。在进行诉讼的同时，沙列阿巴斯曾在1988年7月4日前向高等法院申请暂停仲裁庭对他的审讯，但该请求被驳回。
但随后，最高法院的五名大法官推翻高等法院的决定，批准了沙列阿巴斯所申请的暂停令，并谕令仲裁法庭需立即暂停审讯。在接到最高法院的庭令后，沙列阿巴斯的代表律师立即前往国会大厦欲向正在进行审讯的仲裁庭主席提交暂停令。然而，通往议会的大门被锁上，沙列阿巴斯的代表律师不得不打电话进入议会。最终，最高法院的庭令顺利被提交给仲裁庭主席，审讯被谕令暂停。
审讯被谕令暂停后不久，5名批准暂停令的最高法院法官被政府勒令立即休假，其中包括：
5名最高法院大法官被勒令休假也间接导致了最高法院无法正常运作，因而最高法院也无法再挑战仲裁庭的合宪性以及审理权。随后，最高法院主席沙列阿巴斯正式被革除职务，而5位被勒令休假的大法官中有两名也随后被革职。最高法院无法正常运作和最高法院主席被革职事件也间接抵触了《马来西亚联邦宪法》第9章节，让马来西亚政府面临宪政危机。沙列阿巴斯被革除职务后，政府通过提名让最高元首陛下委任了数名法官以填补最高法院大法官们被革职后的5个空缺，但马来西亚大律师协会（英语：Malaysian Bar Council）拒绝承认新的最高法院主席，并质疑其合法性。
马哈蒂尔的一系列行动受到马来西亚第一任总理东古·阿卜杜勒·拉赫曼的批评。在纽约时报的一篇文章中，东古·阿卜杜勒·拉赫曼对这些行为表示“感到厌恶”，并批评马哈蒂尔破坏独立建国以来的三权分立精神。然而，东古·阿卜杜勒·拉赫曼的观点受到当时的教育部长安瓦尔的批评，安瓦尔当时称东古·阿卜杜勒·拉赫曼是“一位曾经尽力而为的伟大老人”。
马哈蒂尔的支持者则认为，马哈蒂尔成功将马来西亚的司法机构从英殖民主义的思想和规范中解放。他们也称，这些大法官滥用公共资金支付个人开支，例如从意大利购买豪华家具。一些马哈蒂尔的支持者更声称，解雇这些受英殖民文化影响的大法官有助于提高法院的运作效率。
2006年9月12日，民主行动党国会领袖林吉祥在其部落格曾就1988年司法危机发表了一份名为“1988年司法危机－为何要重新检讨？”的文章。文章中林吉祥抨击马哈蒂尔持续的破坏司法，并指遭到羞辱的3名法官必须获得平反。
2006年9月25日，沙列阿巴斯揭露5项证据，印证当时以马哈蒂尔为首的政府用尽手段要迫使他离职。他希望公开许多当年不为人知的证据，以促使时任总理署部长纳兹里向内阁提出检讨1988年司法危机的建议，还原历史的真相。
2003年，马哈蒂尔宣布辞去总理职务，并由阿卜杜拉·巴达维接替他成为下一任总理。2006年，马哈蒂尔因不满阿卜杜拉巴达维取消他的许多发展计划而开始批评阿卜杜拉巴达维的施政，两者之间的关系变得紧张。在此期间，许多人开始呼吁司法机构以及联邦政府重新审查1988年司法危机期间联邦政府所做的决定，其中沙列阿巴斯是支持重新审查的倡导者之一。然而，联邦政府驳回了这项诉求，其中总理署部长纳兹里表示说他不认为这个案子有重新审查的需要。
在2008年马来西亚大选后，国阵首次失去国会下议院三分之二的议席数量。于是，阿卜杜拉巴达维改组了他的内阁。新上任的法律事务部长再益·易卜拉欣说，联邦政府必须向那些被解雇的法官公开道歉，并将其称为他的三个主要目标之一。但是，他同时也不认同重新审查1988年司法危机期间联邦政府所做的决定。马来西亚大律师协会则欢迎并支持联邦政府对1988年司法危机期间联邦政府所做的决定进行重新审视，而时任国内贸易和消费者事务部长沙里尔则认为政府应该直接对当时的最高法院主席道歉。
再益易卜拉欣的言论很快被马来西亚大律师协会前主席库马·拉斯瓦米（英语：Param Cumaraswamy）的批评，他认为马哈蒂尔政府应对1988年司法危机负上所有责任，而非阿卜杜拉巴达维政府，强调马哈蒂尔政府的行为是“对独立正义圣殿的亵渎行为”。此外，他还建议联邦政府赔偿当年被解雇的3位大法官，因为联邦政府已不可能将这3位大法官复职。国会反对党议员兼律师卡巴星则认为现任政府对当年的事件公开道歉并不是一项明智的决定；相反，他建议国会应成立一个皇家委员会重新审查当年的事件。数日后，马来西亚媒体透视大马引述知情人士指出，政府内阁不通过该提案，并指出如果现任政府承认当年政府做出不当行为可能会承担法律责任。而再益易卜拉欣事后则对外宣称该提案仍在考虑中。
2008年4月，时任总理阿卜杜拉巴达维在一场包含大律师协会会员以及反对党民联议员在内的600人晚宴上承认了1988年司法危机对马来西亚造成负面影响：
随后，阿卜杜拉巴达维宣布联邦政府将会支付一笔善意的赔偿金给当年被解雇的大法官们，但他同时也强调他并非要将那些大法官们的贡献、痛苦和损失兑换成单纯的货币。然而，阿卜杜拉巴达维依旧拒绝为1988年司法危机做出明确的道歉或以其他方式对其进行审查，他称这些做法将会“延长危机感”。此外，阿卜杜拉巴达维宣布他将成立一个司法任命委员会，作为他改革司法体系计划的一部分，而该委员会将会委任沙列阿巴斯和阿齐兹米卡玛鲁丁（当年被革职的其中2位大法官）担任成员。
2018年1月，离开巫统加盟反对党阵线后的马哈蒂尔再次否认当年是他决定罢免沙列阿巴斯和其他四名大法官，并声称这是由时任最高元首苏丹伊斯干达陛下所下达的命令。他也表示自己准备在古兰经上发誓，以证明当时他的名字被时任总检察长丹斯里奥斯曼滥用，以便让下达命令的苏丹伊斯干达陛下远离纷争和指责。他还声称他曾看过一封有关苏丹伊斯干达陛下对沙列阿巴斯的批评的信，但他说这封信已经丢失。此外，他还认为，沙列阿巴斯被撤职是由于苏丹伊斯干达陛下对沙列阿巴斯写给陛下的一封信而不满引起的，该信是投诉有关统治者们的私人住宅的施工噪音。
前总检察长阿布塔利布奥斯曼同意马哈蒂尔不应为沙列阿巴斯的解雇附上责任。奥斯曼澄清说，他本人当时看到苏丹伊斯干达陛下亲自签署的解雇命令，要求总理马哈蒂尔解雇沙列阿巴斯，并就程序向总理提出建议。但他也否认了马哈蒂尔声称当时他滥用马哈蒂尔的名字以便让苏丹伊斯干达陛下远离纠纷和指责。奥斯曼同时认为，依据《马来西亚联邦宪法》，总理和总检察长没有权力解雇最高法院主席，马哈蒂尔当年只是依照苏丹伊斯干达陛下的命令，通过宪法的条款和渠道解雇沙列阿巴斯。