抽水马桶，又称冲水马桶，约翰·哈林顿（Dr. John Harington）被认为是第一个发明抽水马桶的人，1778年由约瑟夫·布拉梅（英语：Joseph Bramah）发明，是以杠杆原理把定量水由水箱拉下，把排泄物冲走的马桶。

公元前3000年，地中海克里特岛的克诺索斯王宫，被发现有一条撒香水的沟渠上有厕所蹲坑，厕所的屋顶装有收集雨水的蓄水盆，雨水经由弯曲的陶管，缓缓流入楼下的厕所。

英国女王伊丽莎白一世时期的大臣约翰·哈林顿曾为女王设计了一个冲水马桶，有木制水箱和冲水阀门。这个发明尚不完整，因为没有化粪池，臭气很容易随着水管倒流回房间。1775年苏格兰钟表匠亚力山大•卡明（英语：Alexander Cumming）利用虹吸原理发明S形存水弯，水箱冲水后，存水弯都会被水封住，直接杜绝了恶臭通过管道进入室内。英国发明家约瑟夫·布拉梅（英语：Joseph Bramah）改进抽水马桶的设计，例如使用三球阀控制水箱内的清水流量，马桶冲水时会产生有强力的漩涡状转动，让粪便可以轻易冲去。他于1778年取得了第一个新型抽水马桶的专利。

1848年，英国颁布了公共卫生法（英语：Local board of health），规定家家户户必须安装马桶。由于污水粪便排入河里，导致河岸散发出难忍的恶臭，这即是1858年的恶臭事件。伦敦和其他大城市开始修建下水道。1861年，伦敦管道工汤马斯·克拉普继续改良冲水马桶。1870年，英国Hanley的制陶工人Thomas William Twyford（英语：Thomas Twyford）发明了陶瓷马桶，造价更为低廉，冲水马桶开始进入工业化生产。第一次世界大战，美国的驻英士兵在伦敦发现抽水马桶通常都印上了“汤马斯·克拉普”（Thomas Crapper）公司的商标，当时他们误以为Crapper是指粪便，现在美国俚语Crap意指大便。

1880年冲水马桶传入美国，一开始只有高级旅馆和有钱人才有办法装设。在美国，马桶与浴室正式合二为一。2011年电影《姐妹》（The Help）中有白人禁止黑人帮佣使用马桶的剧情。英文的toilet是指马桶，bathroom则是浴室，Water Closet则是指更衣室内的马桶。

2008年时，日本推出智慧马桶，可以量血压，并且进行尿液分析，还可以测量血脂肪。

抽水马桶未必和坐厕成一组，例子如抽水蹲厕。马桶（特别是底部）颜色大都是白色或浅色，可方便观察尿液颜色，一般不建议使用深色马桶。