孤立语言，一般指与其他任何语言不存在亲属关系的自然语言，无法分类到任何已知语系中。知名的孤立语言如朝鲜语和日语（上述两者均存在争议）。

孤立语言可以看做特殊的未分类语言，即使努力研究仍未分类。如果研究了成果，以前认为是孤立的语言可能不再孤立，如澳大利亚北部曾划分为孤立语言的Yanyuwa（英语：Yanyuwa language）语，现在划分到帕马-恩永甘语系（英语：Pama–Nyungan languages）。

与通常所说的“孤立语言”不同，有些语言是相对孤立的。比如说，阿尔巴尼亚语、亚美尼亚语、希腊语等属于“印欧孤立语言”，它们虽然属于印欧语系，但与印欧语系内其他语言不同，并不属于印欧语系中的任何一个分支，而是独立成为一个体系。不过，通常情况下的孤立语言都是指绝对孤立语言。

需要注意，“孤立语言”与“孤立语”（又称分析语或词根语）不同，前者是从语言分类的角度上来描述一种语言，而后者则是指没有时态和格变化的语言，是语言本身的一种特性。两者不应混淆。

有观点认为苏美尔语、巴斯克语、阿伊努语，也是孤立语言，它们跟目前世界上已知的语系可能都没有关联。持该观点的学者以“同源词问题”支持该观点。