印度尼西亚的运输系统受到该国数千个岛屿形成的经济资源基础所影响，单在爪哇已有超过2亿人聚居。

所有运输工具互相补足，而非竞争关系。当中公路运输占主导地位，在2008年总长度有约438,000 公里。在爪哇和苏门答腊，有四个不相连的铁路网络，主要用作运载大宗商品及和长途客运，苏拉威西和西巴布亚的铁路系统正在建设中。

海上运输则在经济整合、国内外贸易发挥重要角色。 各个主要岛屿有至少一个重要港口城市。内河运输相对重要较少，只限于东部苏门答腊和 加里曼丹等地。航空运输则相当重要，尤其是水运及陆运欠缺及不存在的地区。民航客机都可以涵盖国内所有主要城市。

由于印度尼西亚有大型群岛，海上运输在该国不同地区之间提供航运服务。 常用的船只包括大型货柜船、渡轮，客轮、帆船和小型机动船。传统木制船只印尼双桅帆船（英语：Pinisi）仍然在印度尼西亚群岛之间广泛使用，提供岛间货运服务。主要的印尼双桅帆船传统港口是雅加达的巽他格拉巴港和望加锡的帕欧特雷港（印尼语：Paotere）。

有频繁的渡轮服务横跨各个岛屿之间，特别是从苏门答腊岛经爪哇岛到小巽他群岛。在苏门答腊，爪哇和巴厘岛的交界，多艘汽车渡轮每天二十四小时运作。亦有国际渡轮服务，横跨马六甲海峡，来往苏门答腊岛和马来西亚，以及新加坡和附近的印度尼西亚岛屿，如巴淡岛。

客船网络亦遍及偏远岛屿，特别是印度尼西亚群岛东部地区。 印度尼西亚国家航运公司（Pelni）每两至四周，亦会提供来往全国港口的客运服务。这些船通常提供最便宜方式往来最远的岛屿。部分小型私人船只亦会往来大小岛屿的服务。

有的岛屿没有状况良好的道路，主要河流便成为重要的交通路线。 在加里曼丹，河上的长船是抵达许多内陆地区的唯一途径。