梵蒂冈城国是一个神权君主政体。罗马天主教会的领导人教宗对梵蒂冈行使当然最高立法、行政和司法权，这是较为罕见的非继承式君主制。

教宗是在前一任的教宗逝世或辞职之后由各枢机（现在仅限于80岁以下的所有枢机）召开的选举秘密会议而产生的。会议在西斯汀小堂举行，并在小堂大门被锁上后开始投票。他们需要在这个已经上锁的房间里继续投票直到有人取得选举人最少三分之二的多数票而成为新教宗为止。枢机团团长会请求新教宗选择他的名号（英语：Papal name），教宗穿着白色的教宗袍，枢机在圣伯多禄大殿的中央阳台上向所有人说：“Annuntio vobis gaudium magnum: habemus papam”（我向你们宣布一件非常高兴的事情：我们有教宗了！）。梵蒂冈城国是在1929年通过圣座和意大利之间的《拉特朗条约》创立的。作为罗马天主教的“中央政府”，圣座具有主权，允许它作为国家递交或接受外交代表缔结条约。它与179个国家有正式的外交关系。就梵蒂冈而言，它被国际普遍承认为主权领土。与圣座不同，梵蒂冈不接受或派遣外交代表，圣座代表其参与大部分国际事务。

和几乎所有君主制国家相同，政府的行政、立法与司法权力都由教宗掌握，教宗通常将内部权力授予给不同的机关或官员。依据《梵蒂冈基本法》规定：

教宗对梵蒂冈城国有充分的立法、行政及司法权。

教宗将国家的立法授权交给梵蒂冈城之宗座梵蒂冈城国委员会。该委员会于1939年由教宗庇护十二世建立，由教宗任命的7名枢机组成，任期五年。委员会通过的法律必须经过国务枢机卿批准后才能公布并生效。委员会主席，为教宗代表国家行使权力。主席由秘书长和副秘书长协助，这些官员都由教宗任命。委员会主席的行动必须得到委员会的批准才能施行。各部厅向省交办处理通信、内部安全、消防、梵蒂冈博物馆等问题，梵蒂冈宪兵是国家的安全和警察部队，而不是的宗座瑞士近卫队。

教宗是梵蒂冈城国的主要掌权者，他把行政权托给宗座梵蒂冈城国委员会主席，即为总统。总统向主要日常咨询机构报告所有重要事项，并就所有事项征求意见。因此圣座国务院并不被视为对这些事件负责，并且国务枢机卿也不被视为梵蒂冈城国或罗马教廷各个部门的领导。总统的任期为五年，但教宗可以随时将他罢免。

梵蒂冈城国是欧洲邮电管理委员会、国际谷物理事会、国际电信联盟及万国邮政联盟的成员。与其他国家没有直接的外交关系，对外关系由圣座负责管理。

由教宗授权的宗座梵蒂冈城国委员会为立法部门，负责制定新法和政策。委员会通过的法律和政策在生效之前必须得到教宗的批准。委员会委员在起草立法方面给予协商。

梵蒂冈城国的法律体系与意大利完全不同，法院在一年之内审理了640起民事案件及226起的刑事案件。刑事案件通常是偷窃、抢劫等轻微罪嫌所引起。由于圣伯多禄广场是意大利警察所巡逻，因此在该地犯罪者可能会由意大利当局逮捕和审判。

根据《拉特朗条约》的第22条规定，意大利将依照圣座的请求来惩罚在梵蒂冈境内犯罪的人，如果该人在意大利领土避难，意大利当局将进行追究。相反的，如果在意大利犯罪者于梵蒂冈境内避难，该人将交由意大利警察处理。

梵蒂冈城国没有监狱。除了一些审前的拘留之外，在梵蒂冈犯罪的人都会在意大利的监狱服刑（意大利语：Polizia Penitenziaria），费用由梵蒂冈负担。