爱沙尼亚位于北纬57.3°到59.5°，东经21.5°到28.1°之间，地处波罗的海东岸，毗邻芬兰湾，和拉脱维亚及俄罗斯接壤。爱沙尼亚属海洋性气候，冬季气候温和夏季气候凉爽。爱沙尼亚有一些油页岩和石灰石矿床，森林覆盖率达47%。爱沙尼亚湖泊众多，湖泊数量超过1500个。海岸线曲折复杂，达3,794公里，有许多海湾和海峡。塔林的Muuga港是欧洲最好的不冻港之一。爱沙尼亚拥有重要的战略位置，历史上这里多次爆发过战争。1944年，伊万哥罗德和普乔雷被占领爱沙尼亚的苏联划入俄罗斯领土。两国目前并没有领土纠纷。

爱沙尼亚国土面积45,226平方公里。爱沙尼亚沿波罗的海有很长的海岸线，还有1,520个岛屿。其中最大的两个岛屿是萨列马岛（面积2,673平方公里）和希乌马岛（面积989平方公里），这两个岛屿也是爱沙尼亚知名的观光区。爱沙尼亚的最高点Suur Munamägi位于该国东南部的丘陵，海拔318米。爱沙尼亚有约18,000平方公里的土地被森林所覆盖，而耕地面积约有9,260平方公里。爱沙尼亚有众多天然和人工湖泊，其中面积最大的是楚德湖。爱沙尼亚属温带气候，四季长度都差不多。

苏联统治爱沙尼亚时期，给爱沙尼亚留下了大量环境污染。

地理座标： 59°00′N 26°00′E / 59.000°N 26.000°E / 59.000; 26.000)