中国科学院上海应用物理研究所（英语：Shanghai Institute of Applied Physics, Chinese Academy of Sciences）为专门从事民用非动力核技术研究的中国国有科研机构，以光子科学、核科学技术及相关交叉学科研究为主，隶属于中国科学院。

上海光源划归中国科学院上海高等研究院。