《南京大屠杀史料集》是一套汇集有关南京大屠杀事件的原始资料的多卷本丛书。该丛书由南京大学张宪文教授领衔主编，江苏人民出版社和凤凰出版社负责出版。从2005年开始,《南京大屠杀史料集》已陆续出版了55册,总字数在2800万字以上。至此,有关南京大屠杀的主体资料已大都整理公开出版,它涵盖了加害方(日本)、受害方(中国)、第三方(西方国家)三方面的丰富史料,详尽地、全面地记录了日本在南京地区犯下的战争罪行与反人类罪行。该丛书的资料来源于多国档案馆、图书馆和其他有关史料机构,绝大多数资料均为原始文献和第一手资料,编者根据不同内容,分编成不同专题,集册出版。

从史料来源的角度来看，大致可分为四大部分：

第一部分为加害方日本方面的史料，包括日军官兵和随军记者的日记、书信、回忆，日本军方文件，日本国内新闻媒体的报道，日本驻宁领馆、特务机关以及日本军国主义教育方面的史料。

第二部分为受害方中国方面的史料。从1945年底到1947年初，南京计有首都警察厅、南京敌人罪行调查委员会、南京市抗战损失调查委员会、南京大屠杀案敌人罪行调查委员会和国防部审判战犯军事法庭先后分别从不同的角度对南京大屠杀案进行过较为深入的社会调查。这部分资料共编成19册。中华人民共和国成立后，特别是20世纪80年代以来 ,南京地区相关部门、专家学者和部分高校师生对南京大屠杀幸存者进行了广泛的社会调查,这些珍贵访谈资料共6册。除访谈资料外，部分南京大屠杀的亲历者的日记或回忆录被编为第3册《幸存者的日记与回忆》。史料集还收录了以战前南京政治经济情况、日机轰炸和南京保卫战、自治委员会等为主题的资料。另外，史料集还针对尸体掩埋和遇难同胞名录两个特殊专题进行了资料整理，第5册为《遇难者的尸体掩埋》，第48-55册为《遇难同胞名录》。这8册遇难同胞名录采取卡片形式，以档案文献、口述资料及群众来函等为基础，收录了大屠杀遇难者较为详尽的个人信息，共收录卡片14961张、实际遇难者13000余人。编者收录的每一张卡片不仅标明了遇难者姓名、遇难者概况（性别、年龄、籍贯、住所、职业等）、遇难情形（被害时间、地点、方式），而且根据不同资料的性质 ，设计了九种表格，罗列了调查者、陈述人、具呈人、填报者、口述者、证人等的姓名、职业、住址、与遇难者的关系等，信息较为丰富与详尽。所有信息均注明资料出处，以供专家学者考证、研究。

第三部分为第三方西方国家等方面的史料，大致由二类资料组成。第一类为南京大屠杀期间留在南京的西方目击者的日记、书信和回忆。第二类为德国、英国和美国等国使领馆的文书和西方媒体的有关报道。

第四部分为战后远东国际军事法庭和南京国防部军事法庭等方面的史料。远东国际军事法庭的资料包括法庭法律文件、起诉方和辩护方的证据、检察官的开庭词、国际检察局南京取证报告、判决书等。南京国防部军事法庭的资料主要有法庭法律文件，法庭成立概况，战犯谷寿夫罪行总表，审判战犯谷寿夫、向井敏明、野田岩、田中军吉起诉和辩护材料及法庭判决书等。

另外，有关南京大屠杀的历史图像则编为第28册《历史图像》。该专题以时间为序，以日军攻占南京、血腥暴行、尸体掩埋、国际大救援、历史的审判和南京大屠杀真相的早期揭露为主题分为6个部分，有许多照片均为首次公布。