麻豆社事件，又称麻豆溪事件、麻豆事件、麻豆事件，发生于1629年，台湾荷西殖民时期的西拉雅族和大武垅族麻豆社原住民，因不满荷兰台湾长官的统治，双方发生战争。麻豆社最终失败，签定《麻豆协约》。

1629年，第三任台湾长官彼得·纳茨派遣63名荷兰士兵深入麻豆社搜捕“汉人海盗”，但社中原住民由于对荷兰殖民者杀害他们同胞、要求献地，并且强迫当地青少年服劳役早有不满，但又不得不屈服于荷兰殖民者的武力，因此原住民一边假装协助，但另一方面却运用对当地地理的认识，使荷兰士兵毫无所获。

一日黄昏，63名荷兰士兵结束搜索行动，归途时经过麻豆溪，陪伴搜索的原住民便替士兵们拿枪，并背着他们帮助渡河，荷兵不疑有他，到了半途，所有的原住民忽然蹲下，将身上的荷兵推入河中，并顺势将他们强压吃水，当时荷兰人平均身高只有160~165公分，远不如营养好的麻豆社人，荷兰士兵全数遭溺死。

长官彼得·纳茨闻此惨剧大为震怒，但因滨田弥兵卫事件缠身，因而耽搁下来。及至普特曼斯继任之后，由于先前的料罗湾海战失利，又遭海盗刘香袭击热兰遮城，遂于麻豆溪事件发生后六年的1635年展开报复，11月23日，普特曼斯亲率500名荷兰士兵分成七队及500名新港社 原住民攻打麻豆社，在普特曼斯的命令下，荷兰士兵见人就杀，第一天杀死麻豆社原住民26名。普特曼斯并下命令烧毁所有住家,房子全毁；谓之麻豆社之役。及至12月18日，麻豆社终于向荷兰人投降，并签订《麻豆协约》表示他们愿完全接受荷兰政府统治 。

之后荷兰人借由此次军事行动，东征西讨，最后迫使萧垅社（今佳里区）、大目降（今新化区）、目加溜湾（今善化区）、哆啰国（今东山区）和小琉球等社投降。但直至台湾荷西殖民时期末期，台南平原境内的原住民仍未完全顺服。