东帝汶大屠杀指的是1975年至1999年期间，印度尼西亚在美国支持下，入侵并占领东帝汶之后以“平定战役”为名施行国家恐怖主义，大量杀害东帝汶反抗分子。这已被认定为群体灭绝罪行。耶鲁大学将其列为群体灭绝研究计划（Genocide Studies program）的一部分。

东帝汶大屠杀中著名的大屠杀事件有利逵萨教堂大屠杀（英语：Liquiçá Church massacre）、曼努埃尔·卡拉斯卡朗住所大屠杀（英语：Manuel Carrascalão House massacre）、圣克鲁斯大屠杀（英语：Santa Cruz massacre）、苏艾教堂大屠杀（英语：Suai Church massacre）等。