市町村合并（日语：日本の市町村の廃置分合／にほんのしちょうそんのはいちぶんごう Nihon no shichōson no haichi bunkō）包括了日本市町村的分割、分立、合并、编入等。地方自治法第7条对此的定义是“市町村的废置分合与市町村边界的更改”。日本基于强化市町村的效率与能量、扩大其治理规模，并因应财政困难，120年来持续推动市町村合并。自明治以后，市町村的数量就一直处于减少的趋势，合并的情况压倒性的多于分割的情况。而由于多次的政区调整，行政区之间有时也会出现飞地。

先后共有三次大规模的市町村合并，分别是明治大合并、昭和大合并、及平成大合并，各自有其不同的背景因素、政策目标与后续影响。观其成果，确实使市町村的平均规模扩大，行政服务上也有所变革，并因此节省了部分开支；但自治体合并后必须面对许多内部的不协调，财政上更由于财政纪律的缺乏和中央补助的减少，仍存在相当的困难。

明治大合并发生于1888至1889年间，是明治维新后日本政治现代化过程的一部分，其目标在于建立町村为现代化的地方行政体。在此之前，町村的规模极小，100户以下的町村占了总数的将近七成，以致无法执行户政、土木、救助、征税、及国小义务教育的政策。大规模的合并展开后，之前属于自然共同体的町村被转换为行政体，从此奠定了日本近代地方自治制度的基础。

明治大合并的实施并没有法令上的强制性，但中央主导性极强，整体方案是由町村上一级的县政府来规划和决策，而县政府又听命于中央内务省。当时企图达到的目标规模，设定为每个町村300至500户，合并后的町村数量因此从1888年的71,314，降为1889年的15,859，仅余1/5；町村平均人口数也从550人提高到2,400人左右。

市町村的合并并非只发生在所谓“大合并”的期间。自明治大合并后，日本的基层行政体持续进行合并，从15,859个减少到昭和大合并前的9,868个。这段期间的合并可分为三类。第一类是因为实施了“一部事务组合”制度 ，导致许多町村因为业务连结而进一步合并为单一的行政体。第二类是由于都市发展而对外扩张导致的合并，包括东京、大阪、京都、名古屋与横滨等都市。第三类是基于强化城市作为战争基地而进行的合并，主要是佐世保市、横须贺市、德山市和舞鹤市等海军军港的所在地。

二次世界大战结束后，1946年的日本新宪法和1947年的地方自治法，将市町村的角色强化，以使其有能力执行战后新制中学的设置管理、创设市町村消防自治体警察制度、及市町村社会福利与保健卫生等事务，因此促成了1953年（昭和28年）开启的昭和大合并。当时中央政府决定以8000人为市町村基本人口标准，做为足以有效经营国中义务教育的规模。

昭和大合并和明治大合并一样，都不是法律上强制的，而是由县政府的知事根据相关市町村的议会决议来规划，以示对地方独立性的尊重。但是中央政府不但提出“市町村合并促进计划”，设定要减少市町村数量至1/3，而且与县政府密切配合推动合并，因此昭和大合并也被认为是在中央强大的压力之下完成的。

昭和大合并的成果，是将市町村数量从1953年的9,868，降至1961年的3,472，可说完全达成了所设定的减量目标。市町村的平均人口也从5,400人提高至11,500人，平均面积由35平方公里提高到97平方公里。

在昭和大合并后，日本的基层行政体持续合并，从3,472个微幅减少到平成大合并前的3,229个。这段期间的合并主要是由于日本经济的快速成长，使得都市迅速发展并向外扩张，促成了与周边町村的合并，以扩大发展规模并强化都会实力。相当多县的首府所在都市，在此期间合并扩张。

平成大合并始于1999年（平成11年）。第一次高峰自2003年（平成15年）开始到2005年（平成17年）。执行至2010年3月底，日本市町村的数量从3,229降至1,727个 ，减并幅度将近五成。