医学的灌肠（enema）是指通过肛门引液体灌洗直肠的操作。有治疗疾病（例如便秘）、另类保健疗法、减重、或者非法虐待（例如性虐待）的用途。

使用的器具及液体必须为医用，否则很容易引发危险。除不洁器具导致的感染外，操作不当还可能引起肠穿孔、过量液体吸收而引起的心力衰竭、电解质失衡等。

灌肠的主要医学用途有：

直到20世纪，有些地方（例如美国）灌肠是很常见的程序，被用来治疗发热。另外产妇临盆之前用其引发分娩并防止分娩过程中的粪便感染，不过现在因为优点不明显而且不舒服已不常用。

现在多数灌肠剂是一次性用途的瓶装，上端带有管状开口；有些是带肛管的一次性袋装。因为消毒的困难，可重复使用的灌肠用具现在主要限于个人自用。除作为对高烧病人的物理降温法外，灌肠液体的温度应尽量与体温接近。

灌肠后，肠内的水压迫肛门，患者产生便意。如不需立即排便，快速浅呼吸可以部分抵消便意。随后，下腹部产生压力感并缓慢加强，像气球被逐渐充满一样。充满感先扩展到左侧的降结肠，然后沿肠道向右横走，移到右侧的升结肠。继续灌注的话，液体压力并会造成逐渐加强的腹痛感。

虽然一般建议灌肠后等待10分钟排便，多数人只能坚持1分钟左右。排便时液体与粪便剧烈涌出，使用大量液体的话可以完全清空肠道后半部。

色情上的灌肠癖（klismaphilia）有时候是BDSM行为的一部分。

灌肠还可用来做肛交前的准备清洁直肠程序。

另外有酗酒者用酒精饮料灌入肠道来达到醉酒的例子，因酒精未被胃液破坏且肠道吸收酒精速度快速，若用这种方灌入大量酒类达到醉酒的目的，有可能会引发急性酒精中毒。

灌肠也是部分色情片会出现的要素之一。

玛雅文明等很多中南美洲的宗教仪式中使用灌肠。灌肠液体可含酒精、烟草、peyote仙人掌等致幻剂，以达到宗教致幻（entheogen）。

洗肠保健法（colonic irrigation, colon hydrotherapy），又称浣肠水疗，是20世纪初开始流行的一个另类保健法。提倡者说，用适量纯水流进洗整个直肠，可以安全有效地排除毒素，恢复直肠正常功能。近年坊间陆续出现浣肠水疗中心以“逆渗透净化系统”（Reverse Osmosis Water Purification）为客人以纯水清洗大肠，宣称有提升免疫能力及促进新陈代谢的效果。实际上实现“逆”渗透需要肠外对肠内施加压力，且“渗透”不能移动污物，只能移动水分。