合囊蕨科（Marattiaceae）系为蕨类植物的一科，为合囊蕨目现生成员中唯一的一科，目前共计有6属，约135种，主要分布于热带和亚热带。

合囊蕨科的成员拥有大型蕨叶（英语：frond），为2-3回羽状复叶，少有掌状分裂者。幼叶卷旋，着生于根状茎或球茎上，多少具由叶肉生成或叶缘伸出之假脉，叶脉游离，至多具一分叉点，叶片及小羽片基部膨大形成叶枕（pulvinus）。孢子囊群着生叶背，线形或圆形，孢子囊分离或侧面相互连合成聚合囊；孢子囊无柄，无环带，壁厚，由数层细胞组成；孢子囊壁呈腹面纵裂或顶端孔裂。合囊蕨科的根部粗壮，茎部短小肥大，叶柄基部具革质宿存之托叶。

合囊蕨科与瓶尔小草科属于厚囊蕨类（英语：eusporangiate fern），是厚囊蕨类植物现生唯二的两科，为蕨类植物中较早期的分支出来的一支。

目前本科已知现生六属