熊本藩（日语：熊本藩／くまもとはん Kumomoto han */?）是日本江户时代的一个藩。藩厅位于熊本城（熊本市），领地包括肥后国（熊本县）除去球磨郡、天草郡的地区以及丰后国（大分县）的一部分（鹤崎、佐贺関等）。也被称作肥后藩。藩主是加藤氏及细川氏。自加藤氏失势后，由细川氏管理到明治时代。

在江户时代以前，熊本藩的范围大概包括加藤清正及小西行长管治的领地。后者在关原之战参加西军，因战败后被德川军处死，其领土分配给加藤清正，成为52万石大名，清正时代建造熊本城，在清正管治期间，风评良好，后世称他为清正公。1632年，第二代藩主忠广因德川忠长事件而被处分，分配到出羽国羽冈藩，并由新领主细川氏管治，直到废藩置县为止，由细川氏所管治。

在管治初期，召回不少加藤氏家臣及肥后国人。第二代藩主光尚早年死亡。第三代藩主纲利7岁就任。1747年第五代藩主忠孝在江户被7000石旗本板仓胜该斩死，自此将家纹改变。

1755年开设藩校时习馆，重贤进行改革，成功将熊本藩中兴。幕末时代藩内分为勤王党、时习馆党、实学党等。

1870年末代藩主护久，支持实学党，控制了藩政。1871年废藩置县后，原有领地成为了熊本县的行政区划。

细川护久直系后代，第18代细川家当主细川护熙是第79任日本首相。

外样 52万石

外样 54万石

熊本藩有两个支藩，分别是宇土藩及熊本新田藩（后改称高濑藩）。

1546年设立。藩厅位于宇土，藩厅位于宇土城的遗址，细川光松的从弟行孝被分为3万石，六代藩主立礼及立政曾继承熊本藩成为藩主。1870年与熊本藩合并而废藩。

细川氏、外样3万石

1666年第三代藩主细川纲利的弟弟利重被封于熊本藩藏米3万5千石。1870年与熊本藩合并而被废藩。

细川家、外样3万5千石