囊泡藻界（学名：Chromalveolata）是一类真核生物。囊泡藻界这个概念是汤玛斯·卡弗利尔-史密斯1981年提出的色藻界的修订。表示双鞭毛生物与红藻发生单独的内共生后进化出的所有后代物种。 囊泡藻界是2005年提出的真核生物域六个界之一。

但是，囊泡藻界的单系群问题遭到了很多研究的质疑，最新研究继续证实了囊泡藻界是多系群。

历史上，许多囊泡藻界生物被认为是植物，因为它们具有细胞壁，具有光能合成的能力，很多情况下其形态类似于陆生植物. 但是当“五界说”（动物界、植物界、真菌界、原生生物界、原核生物界）流行起来之后，大多数囊泡藻类的生物都被分入原生生物界，水霉 (water mold) 与网粘菌 (labyrinthulids, or slime nets)被列入了真菌界，褐藻仍保持在植物界。

2005年, 作为原生生物学的当时共识，囊泡藻界被列为真核生物的六个界之一。不过尚未正式定为界层级。含以下四大分类群：

某些群体，例如纤毛虫与水霉, 已经丧失了光能合成能力，但囊泡藻界生物大多数是自养. 所有能光能合成的囊泡藻界生物使用叶绿素 a 与 c, 许多还使用辅助色素. 囊泡藻界生物使用类似的甘油醛-3-磷酸去氢酶蛋白质。

早在2005年，就有研究质疑囊泡藻界是否是单系群. 2006年，有评论论文认为真核生物六界系统中缺少很多证据。 截至2012年，看来正在形成共识，把囊泡藻界分为两个类别。其中之一包括不等鞭毛门和囊泡虫总门，并把有孔虫界也列入，称之为SAR总群; 另一个类别包括了隐藻门与定鞭藻门。 新近的研究把隐藻门与定鞭藻门分开，认为前者是SAR总群的姐妹群，后者应归入泛植物界。

大量的名称用于囊泡藻界内部各类别的组合：

囊泡藻界没有非常普遍的共同形态特征。但其每个主要子类别都有独特的特征, 例如，囊泡虫总门具有的囊泡(alveoli), 定鞭藻门具有的附着鞭毛(haptonema), 隐藻门具有的喷射体(ejectisome)，不等鞭毛门具有的两根不等长的鞭毛。但是这些特征都没有在囊泡藻界中普遍出现。

仅有的囊泡藻界的共同特征有:

对于这样的非常多样性的界，很难总结出其共同特性。

许多囊泡藻界生物对生态系统有巨大的影响，往往是有害的影响。腰鞭毛虫门产生的赤潮会导致鱼类大量死亡，危害牡蛎的收获。顶复门是很多很成功的动物寄生虫. 卵菌纲的水霉会造成严重的植物病害. 实际上正是致病疫霉(Phytophthora infestans)引起了1845年-1852年的爱尔兰大饥荒.

但是，囊泡藻界的很多物种在生态系统中发挥了重要作用。硅藻是地球上重要的光合作用生物。褐藻产生了大量水下"森林"为海洋生物提供了栖息地与膳食。

囊泡藻界还提供了许多直接供人类使用的产品。褐藻胶用做食品增稠剂，在冰淇淋中常见。硅藻的硅质外壳有很多用处，如硅藻土用于过滤，用来做牙膏、做反光油漆。