花莲溪位于台湾东部，属于中央管河川，为花莲县的主要河川之一，本身源流为光复溪，发源于拔子山，但整个水系的最远源头则为其最长支流万里溪 （万里桥溪）的源头，位于中央山脉白石山南侧的万里池。

花莲溪本流河长57.28公里，水系河长则为81公里，流域面积1,507.09平方公里，主要支流有木瓜溪、寿丰溪、万里溪、马太鞍溪、光复溪等。其水系沿着花东纵谷向东北方向流，在海岸山脉最北端的花莲山出海，进入太平洋。平均坡度为1:285。中游建有箭瑛大桥、中兴大桥下游建有米栈大桥与月眉大桥，出海口是花莲大桥。

古花莲溪原本河道在花东纵谷南端，海岸山脉东侧只有一条小溪流奇美溪，后来在板块运动中，海岸山脉被持续抬升，使得奇美溪流速变快，发生向源侵蚀的现象，最后奇美溪在瑞穗附近切穿海岸山脉，和古花莲溪相连，形成河川袭夺现象，而瑞穗以南古花莲溪河段则形成断头河。

花莲溪南端境内的主要支流，如木瓜溪、寿丰溪、万里溪、马太鞍溪、光复溪等皆发源于中央山脉东侧，其中以木瓜溪流域面积最大，支流多且长。主要支流偏在流域西部。上游支流坡度陡，水流急速，每当遇到台风洪水来临时，溪流就会挟带大量的泥土及砂石，从山谷流冲到花东纵谷平原。当河水流出谷口以后，坡度由原先的陡峭地势忽然变得平缓，使得砂砾淤积在下游平原地段，形成许多冲积扇。流路分歧散乱、迁徙不定，本流呈辫状，河心沙洲众多，在纵谷间形成大片平坦地，成为农业及聚落的分布区。因为受到海岸山脉阻挡，花莲溪河道紧近山脉，切割山坡，形成陡峻山崖。少部分支流则发源于海岸山脉西坡，长度短小，而且溪谷发育甚差。

花莲溪流域河谷平原位处花东纵谷之最北端，北起木瓜溪下游，南迄花莲溪南端分水岭大富、大丰附近，行政辖区包括寿丰乡、凤林镇及光复乡等乡镇。地势上以西侧扇顶及南侧分水岭较高约200米，北端木瓜溪下游最低约20米。花莲溪流域河谷平原主要为冲积层及冲积扇堆积所构成，主要的冲积扇有寿丰溪冲积扇、万里桥溪—马太鞍溪冲积扇、光复溪冲积扇等。其中寿丰溪冲积扇扇径约8公里，扇顶海拔高180米，比高140米，扇端达海岸山脉西缘，是一标准而完整冲积扇。万里桥溪冲积扇与马太鞍溪冲积扇因万里桥溪与马太鞍溪两河口仅相隔约2.5公里，相当接近，相连成为合成冲积扇，其扇径亦约8公里，扇顶高度100米，比高100米，此合成冲积扇之扇端部分亦达海岸山脉西麓。光复溪冲积扇系由光复溪三个支流所形成之三个小型冲积扇所组成，包括清水溪扇、光复溪扇及大富扇，其中大富扇为发育于海岸山脉侧。

以下由河口至源头列出主流上之主要桥梁：