孔肠科（学名： Opecoelidae）是斜睾目之下一个吸虫纲复殖亚纲寄生虫的科，是复殖亚纲之下物种最丰盛的一个科，包含有近100个属、接近900个物种。这上千种物种全在淡水和咸水生活的真骨类支序鱼类身上寄生。

本科在WoRMS属于Allocreadioidea总科，但在Bray et al.被划为独立一个总科 Opecoeloidea Ozaki, 1925 ，又或属于 Brachycladioidea Odhner, 1905。

本科物种尚可分为多个亚科，分别如下：