澳门特别行政区政府的行政部门除首长行政长官外，由第一层司长、第二层局、第三层厅、第四层处所组成，并可根据需要设立咨询组织。另外有部分机构，如廉政公署、审计署、澳门海关等直属行政长官。

根据第2/1999号法律《政府组织纲要法》第四条规定，澳门特别行政区政府主要官员为各司司长、廉政专员、审计长、警察部门主要负责人和海关主要负责人：

1999年，由当时七司“司法政务司”、“行政、教育暨青年事务政务司”、“经济协调政务司”、“保安政务司”、“传播、旅游暨文化政务司”、“社会事务暨预算政务司”、“运输暨工务政务司”分别统一为“行政法务司”、“经济财政司”、“保安司”、“社会文化司”、“运输工务司”共五司；另外有部门调整及改称，如司法警察司改称司法警察局，并隶属保安司等；所有司（二级司）、局、厅、处，都分别改为局、厅、处；及取消了一些部门，如纪念葡萄牙发现事业澳门地区委员等。