黄崇源（Chorng-Yuan Hwang，1964－）是一位台湾天文学家，现任教于国立中央大学天文研究所并为现任所长。主要研究是在观测天文学与星系天文方面。

黄崇源生长于嘉义，后前往台北市就读高中。之后进入国立台湾大学物理系就读，并取得学士和硕士学位。黄崇源就读国立台湾大学时是研究核物理，后来到柏克莱加州大学改研究天文学，并获得天文学博士学位。获得博士学位后曾在中央研究院天文及天文物理研究所筹备处担任博士后研究员，2000年前往中央大学天文研究所任教并曾任所长。

黄崇源的研究主要是观测天文学。主要是以下电磁波段；

黄崇源的个人兴趣有国际标准舞、太极拳和塔罗牌。