哈尔滨东正教随着的东清铁路修建而传入。俄罗斯正教会是俄罗斯帝国的国教。1898年，在哈尔滨的一支东清铁路筑路队中的契阔夫司祭于8月3日（星期天）在香坊霍尔瓦特庄园（即田家烧锅）附近用苇席搭成简易教堂，首次举行东正教礼拜仪式。

东清铁路沿线的东正教为俄罗斯正教派，实为革新派。此外还有18世纪流亡到中国东北的莫洛干派，以及阿尔明尼亚东方希腊旧教。

1899年3月，哈尔滨第一座东正教堂——香坊圣·尼古拉教堂在香坊军政街（现香政街）建成。第二年，在南岗新市街中心广场（现博物馆广场）修建了著名的圣·尼古拉中央大教堂。到1908年，哈尔滨有东正教堂7座，东清铁路沿线共有教堂14座。到1930年，哈尔滨共有东正教堂23座。

1959年，俄罗斯大量宗教人员及移民离开哈尔滨，宗教活动日益减少。文化大革命期间，已开放的6座教堂被全部关闭。

1984年10月14日，哈尔滨东正教堂重新开放，宗教活动恢复。