南京市或称南京直辖市，中华人民共和国已撤消的大行政区直辖市。沿袭于民国时期的首都——南京市，辖区仍以南京城为主体，小于南京市现在的辖区面积。
1949年4月渡江战役后，解放军攻占南京城，4月28日成立中国人民解放军南京市军事管制委员会，接管南京市的市政。5月，设南京市人民政府。6月2日，各区人民政府成立。
1949年10月，中华人民共和国建立，以北京市为首都。当时，中华人民共和国行政区划体系中，共设有12个中央人民政府直接管辖的直辖市。其后，除北京、天津外，皆为大行政区代管。12月，南京市改为华东军政委员会（即后来的华北大行政区）直辖市。
1952年11月15日，中央人民政府委员会第十九次会议通过《关于调整省、区建制的决议》。决议第三条规定，成立江苏省人民政府，撤销苏北、苏南人民行政公署，江苏省人民政府设于南京。两个行政公署与南京直辖市的辖区构成新的江苏省境。12月17日，江苏省人民政府成立（1953年1月1日正式成立）。政务院命令，南京市改为江苏省省辖市，南京人民政府改隶于江苏省人民政府。
1949年时，南京市仅管辖今南京市主城区。在今南京市辖境的六合县、江浦县、江宁县、溧水县、高淳县，皆属其它行政区。
当时，南京市人民政府仍按中华民国政府设置的十三个区的区划分区。浦镇划入南京，与浦口合并为两浦区。大黄洲、小黄洲划入安徽省和县。1950年6月，南京市按工商业区、农业区、风景区三种类型，重新划分为12个区。第一、二区未改，撤销第三区。第四至第九区改为新第三至新第八区。撤销第十区，成立中山陵园区。第十一区、第十二区改为新第十、十一区。第十三区改为新第九区。
1952年10月，因永利宁厂的发展，经政务院批准，六合县、大厂镇划入南京市，直属市政府。同月，华东军政委员会将江宁县的石岗、红庙、个子村划入南京市第十区（即后来的雨花台区）。
进入21世纪后，恢复设置南京直辖市的呼声在南京民间经常出现。各类传言众多。2011年9月10日，发表在中国民生在线网上面的《南京直辖已正式列入计划，年内将正式启动》称将把今属安徽省管辖，又与南京接壤的马鞍山、句容、滁州市、天长、和县、仪征、来安、全椒划入，新增的区是仪征、滁州、天长、句容，马鞍山。但种种传闻都被官方所否认。
秣陵县（秣陵侯国 · 宣亭县）
治所在今上海：松江府
淮安府凤庐巡抚衙门驻地 | 扬州府 | 徐州直隶州
江宁府江南江西河南→江南江西→江南总督部院、江南左布政使司衙门（寄治） | 苏州府江宁巡抚衙门、江南右布政使司衙门 | 松江府 | 常州府 | 镇江府 | 淮安府 | 扬州府凤阳巡抚衙门在泰州 | 徐州直隶州
江宁府江南→两江总督部院、安徽布政使司衙门（寄治） | 苏州府江宁→江苏巡抚衙门、江苏布政使司衙门（1724年割太仓州→太仓直隶州） | 松江府 | 常州府 | 镇江府 | 淮安府（1724年割海州→海州直隶州，割邳州→邳州直隶州） | 扬州府（1724年割通州→通州直隶州） | 徐州直隶州→徐州府（1733年升府，增领邳州）
苏州府江苏巡抚衙门、江苏布政使司衙门 | 松江府 | 常州府 | 镇江府 | 太仓直隶州
江宁府两江总督部院、江宁布政使司衙门 | 淮安府 | 扬州府 | 徐州府 | 通州直隶州（1768年析置：海门直隶厅） | 海州直隶州
淮安府江淮巡抚衙门 | 江宁府两江总督部院、江宁布政使司衙门 | 扬州府 | 徐州府 | 通州直隶州 | 海州直隶州 | 海门直隶厅
句容县 | 溧水县 | 高淳县 | 江浦县 | 六合县 | 丹阳县 | 金坛县 | 溧阳县 | 扬中县
上海县 | 松江县 | 南汇县 | 青浦县 | 奉贤县 | 金山县 | 川沙县
吴县 | 吴江县 | 常熟县 | 昆山县 | 吴江县 | 武进县 | 无锡县 | 宜兴县 | 江阴县 | 靖江县 | 南通县 | 如皋县 | 泰兴县
淮阴县 | 淮安县 | 泗阳县 | 涟水县 | 阜宁县 | 盐城县
江都县（甘泉县并回） | 仪征县 | 东台县 | 兴化县 | 宝应县 | 泰州 | 高邮州
铜山县 | 丰县 | 沛县 | 萧县 | 砀山县 | 邳县 | 宿迁县 | 睢宁县 | 东海县 | 灌云县 | 沭阳县 | 赣榆县
镇洋县→太仓县 | 嘉定县 | 宝山县 | 崇明县
江宁县 | 句容县 | 溧水县 | 高淳县 | 江浦县 | 六合县 | 丹阳县 | 金坛县 | 溧阳县 | 扬中县 | 吴县 | 吴江县 | 常熟县 | 昆山县 | 吴江县 | 武进县 | 无锡县 | 宜兴县 | 江阴县 | 靖江县 | 南通县 | 如皋县 | 泰兴县
上海县 | 松江县 | 南汇县 | 青浦县 | 奉贤县 | 金山县 | 川沙县 | 太仓县 | 嘉定县 | 宝山县 | 崇明县 | 海门县
淮阴县 | 淮安县 | 泗阳县 | 涟水县 | 阜宁县 | 盐城县 | 江都县 | 仪征县 | 东台县 | 兴化县 | 泰县 | 高邮县 | 宝应县
铜山县 | 丰县 | 沛县 | 萧县 | 砀山县 | 邳县 | 宿迁县 | 睢宁县 | 东海县 | 灌云县 | 沭阳县 | 赣榆县
江宁县 | 句容县 | 溧水县 | 高淳县 | 江浦县 | 六合县 | 丹阳县 | 金坛县 | 溧阳县 | 扬中县
上海县 | 松江县 | 南汇县 | 青浦县 | 奉贤县 | 金山县 | 川沙县 | 太仓县 | 嘉定县 | 宝山县 | 崇明县 | 海门县
吴县 | 吴江县 | 常熟县 | 昆山县 | 吴江县 | 武进县 | 无锡县 | 宜兴县 | 江阴县 | 靖江县 | 南通县 | 如皋县 | 泰兴县
淮阴县 | 淮安县 | 泗阳县 | 涟水县 | 阜宁县 | 盐城县 | 江都县 | 仪征县 | 东台县 | 兴化县 | 泰县 | 高邮县 | 宝应县
铜山县 | 丰县 | 沛县 | 萧县 | 砀山县 | 邳县 | 宿迁县 | 睢宁县 | 东海县 | 灌云县 | 沭阳县 | 赣榆县
徐州市 | 连云市
镇江县 | 江宁县 | 句容县 | 溧水县 | 高淳县 | 丹阳县 | 金坛县 | 溧阳县 | 宜兴县
太仓县 | 吴县 | 常熟县 | 昆山县 | 吴江县 | 武进县 | 无锡县 | 江阴县
上海县 | 松江县 | 南汇县 | 青浦县 | 奉贤县 | 金山县 | 川沙县 | 嘉定县 | 宝山县 | 崇明县 | 嵊泗设治局→嵊泗县
海门县 | 启东县 | 靖江县 | 南通县 | 如皋县
江浦县 | 六合县 | 扬中县 | 泰兴县 | 江都县 | 仪征县 | 高邮县 | 泰县
阜宁县 | 盐城县 | 东台县 | 兴化县
淮阴县 | 淮安县 | 泗阳县 | 涟水县 | 宝应县 | 宿迁县
东海县 | 灌云县 | 沭阳县 | 赣榆县
铜山县 | 丰县 | 沛县 | 萧县 | 砀山县 | 邳县 | 睢宁县
无锡市 | 苏州市 | 镇江专区 | 常州专区 | 苏州专区 | 松江专区 | 太湖行政办事处
泰州市 | 南通市 | 泰州专区 | 盐城专区 | 淮阴专区 | 南通专区 | 淮北盐区
南京市 | 无锡市 | 徐州市 | 常州市 | 苏州市 | 南通市 | 镇江专区（1958–1959年迁署更名常州专区） | 苏州专区 | 松江专区（1958年撤，辖县划归上海市） | 扬州专区 | 盐城专区 | 淮阴专区 | 徐州专区 | 南通专区 | 六合专区
南京市 | 无锡市 | 徐州市 | 常州市 | 苏州市 | 南通市 | 连云港市 | 镇江地区 | 苏州地区 | 扬州地区 | 盐城地区 | 淮阴地区 | 徐州地区 | 南通地区 | 六合地区（1971年撤）
南京市 | 无锡市 | 徐州市 | 常州市 | 苏州市 | 南通市 | 连云港市
镇江地区 | 苏州地区 | 扬州地区 | 盐城地区 | 淮阴地区 | 徐州地区 | 南通地区
南京市 | 无锡市 | 徐州市 | 常州市 | 苏州市 | 南通市 | 连云港市 | 淮阴市 | 盐城市 | 扬州市 | 镇江市
南京市 | 无锡市 | 徐州市 | 常州市 | 苏州市 | 南通市 | 连云港市 | 淮安市 | 盐城市 | 扬州市 | 镇江市 | 泰州市 | 宿迁市