木屐寮断层（英语：Muchiliao Fault），位于台南市的活动断层，属于逆移断层，呈北北东走向，由台南市白河区头崎内里向南延伸至六重溪北岸崁内里，长约7公里。

木屐寮断层在航照上呈现明显线形，更新世晚期地层受到倾动，但地表尚未发现断层露头，可能为盲断层。由地球物理探勘结果，在木屐寮断层西侧地下浅部可能有分支断层存在。

由GPS测量结果，除了受到集集大地震的影响以外，2002年以后木屐寮断层两侧岩层的水平位移有明显变化量，显示断层两侧为压缩形式的逆移断层的特性。

由于全新世岩层受到倾动，监测资料显示有明显位移，木屐寮断层暂列第二类活动断层。