1999年规定：印章直径5厘米，中央刊五角星，由国务院制发。
国家防汛抗旱总指挥部（简称“国家防总”），是中华人民共和国国务院成立的国务院议事协调机构，负责领导组织全国的防汛抗旱工作。
1950年6月3日，经中央人民政府政务院批准，正式成立中央防汛总指挥部。首届总指挥部主任由政务院副总理董必武担任，副主任由中央人民政府水利部部长傅作义、中央人民政府人民革命军事委员会部长李涛担任。1967年“文革”前，邓子恢、谭震林等先后担任中央防汛总指挥部主要领导。1950年6月7日，政务院发布《关于建立各级防汛机构的决定》。
1971年6月6日，国务院、中央军委发出《关于成立中央防汛抗旱指挥部的通知》，成立中央防汛抗旱指挥部，由总参谋部、国家计委、商业部、交通部、农林部、财政部、水利电力部组成。指挥部办公室设在水利电力部，日常工作由水利电力部抓总。长江中下游和黄河防汛指挥部机构仍按国务院1969年防汛工作的通知规定不变。
1985年7月2日，重新恢复中央防汛总指挥部，国务院副总理李鹏，水利部部长钱正英分任总指挥和副总指挥。
1977年3月，成立国务院抗旱领导小组，负责协调相关部门的抗旱工作。1988年8月11日《国务院关于非常设机构设置问题的通知》（国发〔1988〕56号）将国家防汛总指挥部列为国务院非常设机构，总指挥田纪云、顾问钱正英，具体工作由水利部承担，原国务院抗旱领导小组并入该指挥部。1988年11月7日《国务院办公厅关于国务院已撤三十八个非常设机构的通知》（国办函〔1988〕81号）将国务院抗旱领导小组列为已撤销的国务院非常设机构。
1979年6月2日，国务院抗旱领导小组办公室由原农林部改设水利部。1988年6月2日，该办公室并入国家防汛总指挥部办公室。
1988年4月20日，国家防汛总指挥部举行1988年第一次会议，国务院副总理田纪云、水利部部长杨振怀讲话。
1988年6月2日，国务院、中央军委国发〔1988〕34号文件决定成立国家防汛总指挥部，国务院副总理田纪云任总指挥，水利部部长杨振怀、国务院副秘书长李昌安、国家计委副主任叶青任副总指挥。1992年8月15日，《国务院办公厅关于国家防汛总指挥部更改名称的通知》（国办发〔1992〕45号）称，“经国务院批准，原国家防汛总指挥部改名为国家防汛抗旱总指挥部，负责全国防汛抗旱工作的统一指挥和调度。总指挥部组成单位不变，办事机构仍设在水利部。”
根据2008年国务院机构改革方案，国家防汛抗旱总指挥部具体工作由水利部承担。
2018年3月17日第十三届全国人民代表大会第一次会议通过《第十三届全国人民代表大会第一次会议 关于国务院机构改革方案的决定》，批准《国务院机构改革方案》。方案规定：“组建应急管理部。将国家安全生产监督管理总局的职责，国务院办公厅的应急管理职责，公安部的消防管理职责，民政部的救灾职责，国土资源部的地质灾害防治、水利部的水旱灾害防治、农业部的草原防火、国家林业局的森林防火相关职责，中国地震局的震灾应急救援职责以及国家防汛抗旱总指挥部、国家减灾委员会、国务院抗震救灾指挥部、国家森林防火指挥部的职责整合，组建应急管理部，作为国务院组成部门。中国地震局、国家煤矿安全监察局由应急管理部管理。公安消防部队、武警森林部队转制后，与安全生产等应急救援队伍一并作为综合性常备应急骨干力量，由应急管理部管理。不再保留国家安全生产监督管理总局。”
根据《中华人民共和国防洪法》、《中华人民共和国防汛条例》、《中华人民共和国抗旱条例》和国务院“三定方案”规定，国家防汛抗旱总指挥部在国务院领导下，负责领导组织全国的防汛抗旱工作。
1950年6月3日成立时的组成人员是：
（不详）
1954年任命的总指挥：
1967年以前任命的总指挥：
1985年7月2日《国务院、中央军委关于调整中央防汛总指挥部领导成员的通知》（国发〔1985〕84号）调整后的组成人员是：
（组成人员不详）
1988年成立国家防汛总指挥部时的组成人员是：
（不详）
1993年5月29日《国务院办公厅关于国家防汛抗旱总指挥部组成人员的通知》（国办发〔1993〕32号）调整后的组成人员是：
1995年5月8日《国务院办公厅关于调整国家防汛抗旱总指挥部组成人员的通知》（国办发〔1995〕32号）调整后的组成人员是：
1998年4月10日《国务院办公厅关于调整国家防汛抗旱总指挥部成员的通知》（国办发〔1998〕11号）调整后的组成人员是：
1998年汛后调整的副总指挥是：
1999年4月1日《国务院办公厅关于调整国家防汛抗旱总指挥部成员的通知》（国办发〔1999〕30号）调整后的组成人员是：
2003年3月31日《国务院办公厅关于调整国家防汛抗旱总指挥部成员的通知》（国办发〔2003〕17号）调整后的组成人员是：
2004年调整的副总指挥是：
2007年调整的副总指挥是：
2007年5月2日《国务院办公厅关于调整国家防汛抗旱总指挥部成员的通知》（国办发〔2007〕29号）调整后的组成人员是：
2008年4月17日《国务院办公厅关于调整国家防汛抗旱总指挥部成员的通知》（国办发〔2008〕21号）调整后的组成人员是：
2009年3月增加的副总指挥是：
2010年5月调整的副总指挥是：
2010年9月调整的副总指挥是：
2013年5月10日《国务院办公厅关于调整国家防汛抗旱总指挥部组成人员的通知》（国办发〔2013〕33号）调整后的组成人员是：
2015年6月时的组成人员是：
2017年3月时的组成人员是：
2018年6月15日《国务院办公厅关于调整国家防汛抗旱总指挥部组成人员的通知》（国办发〔2018〕49号）调整后的组成人员是：
2019年3月19日《国务院办公厅关于调整国家防汛抗旱总指挥部组成人员的通知》（国办发〔2019〕12号）调整后的组成人员是：
国家防汛抗旱总指挥部的办事机构是国家防汛抗旱总指挥部办公室（简称“国家防总办公室”），设在水利部。
1985年7月2日《国务院、中央军委关于调整中央防汛总指挥部领导成员的通知》（国发〔1985〕84号）规定“中央防汛总指挥部办公室仍设在水利电力部，办公室不另列编制。”1993年5月29日《国务院办公厅关于国家防汛抗旱总指挥部组成人员的通知》（国办发〔1993〕32号）规定“国家防汛抗旱总指挥部办公室设在水利部”。1998年4月10日《国务院办公厅关于调整国家防汛抗旱总指挥部成员的通知》（国办发〔1998〕11号）、1999年4月1日《国务院办公厅关于调整国家防汛抗旱总指挥部成员的通知》（国办发〔1999〕30号）、2003年3月31日《国务院办公厅关于调整国家防汛抗旱总指挥部成员的通知》（国办发〔2003〕17号）均规定“国家防汛抗旱总指挥部在水利部单设办事机构”。
根据2008年国务院办公厅关于《水利部主要职责内设机构和人员编制规定》，设置国家防汛抗旱总指挥部办公室，主要职责是：
国家防汛抗旱总指挥部办公室的内设处室是：
2010年，中央机构编制委员会办公室同意国家防汛抗旱总指挥部办公室设立国家防汛抗旱督察专员，随后部分省（市、自治区）的防汛抗旱指挥部办公室也设立了防汛抗旱督察专员。
国家防汛抗旱总指挥部办公室历任主任、副主任、国家防汛抗旱督察专员、巡视员、副巡视员是：