海军三长官（かいぐんさんちょうかん）是大日本帝国海军中三个主要干部职位的合称。

日本海军的三长官为以下三个职位的合称

最初军令部的最高职位的军令部长。在1933年（昭和8年）因军令部条例修订及将其权限扩大，军令部长改称为军令部总长。在条例修订其间，身为皇族的军令部长伏见宫博恭王与东乡平八郎并列为元帅，发挥着极大的作用。而伏见宫在山本权兵卫在生时的海军内也有一定分量，在昭和期关于海军方针与最高人事的事情，惯例上需请示伏见宫并得其同意。

海军大臣在传统上为海军的最高指导者，并不像陆军三长官于三长官会议有决定性的作用。这习惯从没改变，而在海军内只容许海军大臣参与政治。