先天性障碍，又称先天性疾病、先天畸形、先天缺陷，是指发育中的胎儿因为遗传性疾病或发育环境等因素导致某个部位特征结构畸形，导致在婴儿出生时即有的病症，包括了身体（英语：Physical disability）、智能以及发展上的障碍。障碍程度可能轻微，也可能严重。先天性障碍可以分为二类：结构性缺陷是指身体器官或部位在外形或是结构上的缺陷，而功能性缺陷（英语：Functional disorder）是指身体部位在功能上的缺陷.。功能性缺陷包括代谢疾病及退行性疾病。有些先天性障碍则同时包括了结构性缺陷以及功能性缺陷二者。

先天性障碍可能是因为遗传疾病、染色体畸变，或是怀孕时暴露在特定化学物质、服用特定药物或是怀孕时感染（英语：Vertically transmitted infection）。风险因子包括叶酸缺乏症、怀孕时饮酒或是吸烟、妊娠糖尿病控制不当、或是孕妇年龄超过35岁。许多先天性障碍可能是因为多种原因造成。先天性障碍可能是婴儿出生时即可看出的，也有些是透过新生儿筛检（英语：Newborn screening）得知.。许多的先天性障碍可以在怀孕时在产前诊断检查出来 。

根据动物实验，发育中的胎儿所得到的营养取决于父母的进食，也有可能对胎儿出生以后长期影响到他的生活型态。也动物实验也指出，父母的思维、生活作息也会影响到胎儿的发育过程，由实验可知，父亲如果整天酗酒、少吃蔬果类的食物、吸烟、吸毒品等不良行为，更容易让胎儿造成基因突变而导致先天性障碍。

先天性障碍的处理方式因种类而有所不同，包括有治疗、药物、手术以及辅助技术。在2015年有9600万人有先天性障碍 。在美国有3%的新生儿有先天性障碍 ，在1990年时全世界因先天性障碍死亡的人数有75.1万人，到2015年降到62.8万人。主要的死因有先天性心脏病（30.3万人）及神经管缺陷（英语：Neural tube defect）（6.5万人）。

从1990年至2013年期间数据统计显示：每年因先天性疾病导致死亡者从751,000人降至632,000人，其中先天性心脏疾病导致死亡的人数最多（323000人），其次是神经管异常（69000人）。