半鞭毛虫（Hemimastigophora）是一类单细胞真核生物，目前认为此支序为多貌生物的姊妹群。

本支序于1988年由Foissner等人建立的一个门级分类元，其下仅有Spironemidae一科。当时该支序于分类树上的位置仍不清楚，认为其与眼虫门（Euglenozoa）为近亲。但后续的研究则认为其应该比较接近SAR超类群（包含囊泡虫类、无根虫（英语：Apusozoa）、弯单胞虫（英语：Ancyromonadida））。

2018年发表的论文根据其新发现的物种（），认为本支序应该是属于真核生物域下的一个总界级的高阶分类元 。