南苏丹国旗，是在第二次苏丹内战结束、签署停火协订以后南苏丹所采用的，在2011年南苏丹独立以后正式成为国旗。在此之前（2005年-2011年），此旗帜是由苏丹人民解放运动所使用。

黑色部分象征南苏丹人民（以黑人为主），红色代表为自由而流的血，绿色代表土地，蓝色代表尼罗河，而黄星则象征伯利恒之星。

南苏丹政府规定，国旗的颜色代表南苏丹的这些描述：

肯尼亚国旗；3:2样式

苏丹国旗；3:2样式

南苏丹国旗；3:2样式

2011年之前的苏丹人民解放军的军旗，也是南苏丹自治政府总统的武装力量统帅旗

南苏丹政府军的军旗，也是南苏丹共和国总统的武装力量统帅旗

南苏丹解放运动的旗帜

联合民主阵线（南苏丹）（英语：United_Democratic_Front_(South_Sudan)）的旗帜

南苏丹武装力量旗帜

南苏丹国防军 - 眼镜蛇派的旗帜

奥斯曼帝国埃及省
（1840年-1867年）

奥斯曼帝国埃及省
（1867年-1899年）

奥斯曼帝国陆军军旗，上面有八角星和新月
（1793年-1844年）

奥斯曼帝国最后一面旗帜，坦志麦特改革以后的第一面奥斯曼国旗
（1844年-1922年）

埃及苏丹国
（1899年-1922年）

英埃共管苏丹
（1899年-1956年）

英埃共管苏丹
（1899年-1956年）

埃及共和国
（1952年-1956年）

南苏丹使用的苏丹共和国国旗
（1956年-1970年）

南苏丹使用的苏丹国旗
（1970年-2011年）

南苏丹自治政府
（2005年-2011年）

南苏丹共和国
（2011年—至今）