纳闽由主岛纳闽岛和六个小岛（Burung Island、Daat Island、Kuraman Island、Papan Island、Rusukan Kecil Island和Rusukan Besar Island）。15世纪开始，纳闽便成为文莱的一部分，因为它能够作为船只的避风港并抵挡海盗的攻击。1846年，纳闽被转让给大英帝国，并在1848年在纳闽条约下成为直辖殖民地。

1890年，它被交给北婆罗洲渣打公司管理。1904年再次被转让给英国政府。不久后，即1907年1月1日，它加入了海峡殖民地并交给海峡殖民地的首都——新加坡管理。

第二次世界大战时，纳闽于1941年12月至1945年6月间被日本占领，由日本第37军统治并作为北婆罗洲军事单位的一部分。婆罗洲守备军的第一任司令官前田利为将纳闽改名为前田岛（Pulau Maida，Maeda-shima）。1945年6月10日，盟军在麦克阿瑟将军的指挥下以100艘舰船登陆纳闽。澳大利亚第9部队发动了大规模的恐袭和海上轰炸，致使日军投降。1945年9月9日，日军指挥官马场正郎在拉央拉央海边向澳大利亚第9部队的指挥官乔治F.伍特少将投降。纳闽恢复了它原来的名字，与其它的海峡殖民地成员一同成为英国军事管制区。1965年7月15日，纳闽成为北婆罗洲的直辖殖民地。1963年9月16日，纳闽成为马来西亚沙巴州的一部分。 1984年4月16日，纳闽脱离沙巴，成为联邦直辖区，由联邦政府管辖。

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