行政机关，又称行政机构、行政部门，其工作是对组织进行日常的管理并施行法律政策等相关活动，是三权分立中的其中一部分。广义上，行政定义为负责国家政策的执行的政府机构。狭义上，则专指内阁等行政决策机构，而只从事事务性执行工作的人员和机构则归为官僚机构。但是这种区分也存在争议，例如法国大革命前以及欧洲的许多君主立宪政体，占据行政机构顶端的部长职位的也是行政管理者。

在原始社会时期，行政权通常掌握在部落酋长手里。

从有国家出现以后，行政权都是掌握在政府手里，政府是国家机器中最早出现的机构。

在中世纪，政府的首长一般都是国教的权威。基督教和伊斯兰教国家政府的首长都是大主教；佛教和印度教国家宗教领袖通常只控制立法权，政府首长由军队领袖担任；儒家文化区域的国家，君主掌握立法权，政府首长由大儒担任。

现代国家体制不同，政府的体制也不同，但职责基本相同。在三权分立的国家，行政权和立法权、司法权各自独立行使，互相制衡。

在总统制的国家中，如：美国、墨西哥、阿根廷、巴西、韩国，政府首长就是国家元首（总统），单独选举。其他政府成员由总统任命。总统是唯一对国家所有行政事务负责的行政官员，各部的部长负责各自的部门，并对总统负责。

在半总统制下，总统领导的政府向议会负责，总统任命政府总理，其他政府成员由总理提名，并由总统任命。例如：法国、俄罗斯和中华民国。

在议会制及部分君主立宪制的国家中，国家元首是礼仪性的（虚位元首），如：德国、意大利的总统，澳大利亚和加拿大的总督，日本的天皇，英国的女王，马来西亚的最高元首。政府首长是总理或称首相，一般由议会选举中获胜的最大党党魁担任，或经由议员选举产生，首相不一定是最大党党魁，也有由国家元首直接任命。首长领导内阁决定并执行国家政策，集体对议会负责。

在社会主义国家中，行政机构为国家权力机构的执行单位，不过实际操作中执行的是国内唯一执政党的决策，例如：中华人民共和国、朝鲜民主主义人民共和国、越南等。

在委员会制国家中，最高行政机构的成员由议会选举产生。大部分的重要决策由委员们共同作出，政府首长只不过是一个行动委员会的主席，例如：瑞士联邦委员会。

任何国家的行政结构都呈金字塔型，层级关系严格，上级领导下级，下级必须严格执行上级的命令。这种结构有效率，理性，但是也会因为机构庞杂而造成机械僵化的问题。

一个国家的行政机构大体上可以分为：

行政机构的功能就是执行国家意志。包括宪法和法律的执行，并参与国家立法；对国家内外政策进行决策和实施，任免政府官员；管理国家公共事务；向立法机构提出预算，干预和调整社会经济。

一般而言，政府行政部门和普通公民的接触和掌握的资源都最多、对公民的生活影响也最大，因此宪政和分权的主要目的就是要限制和制衡行政部门的权力。但是在实际层面上，行政机构往往具有一定的自由裁量权，而不仅仅是执行。取决于政治制度的不同，有些国家的行政机构拥有难以监控的强大权力，甚至在一些国家，行政机构几乎就是国家的决策中心。在不少国家，行政机构已经成为了事实上的主要立法者。许多议案都是由行政机构起草，然后交由议会通过。在经济社会领域，行政机构可以单独发布和正式立法相同作用的各种规则，以影响公民的社会生活。

虽然行政机构的权力在不断扩大，但是对其制约的机制也在不断完善。立法机构通过专业化和委员会方式，司法机构通过监督方式都在规制行政机构的权力。技术的进步，互联网的发展在使公民能够更多的影响社会的同时，也在制约着行政力量。