PEMSEA是一个政府间组织，前身是实施全球环境基金区域海洋环境保护项目的一个办公室，从项目实施到目前已经有21年的历史。国家成员有11个，包括韩国、日本、中国、朝鲜、菲律宾、越南、柬埔寨、老挝、印尼、东帝汶、新加坡，非国家成员有20个，包括国际组织、研究机构、非政府组织、企业协会等。秘书处设在马尼拉。2014年在中国设立中国-PEMSEA可持续海岸带管理合作中心，协调PEMSEA在中国的业务。

每年7月召开的东亚海伙伴关系理事会是PEMSEA的最高决策机制，每三年召开一届的东亚海大会是PEMSEA影响力最大的活动，期间召开的部长论坛一般会通过部长宣言，指导PEMSEA的发展方向。目前已经召开了四届部长会议。2006年中国海口承办了第二届东亚海大会，部长会议通过了《海口宣言》。

组织实施2003年由12个海洋环境部长于签署的《东亚海可持续发展战略》，是PEMSEA的主要业务。目前在实施的项目有近10个，最大的项目由联合国开发计划署和全球环境基金资助的“实施东亚海可持续发展战略项目”，项目总资金1.4亿美元，包括全球环境基金赠款1000万美元。此外赠款方包括世界银行、联合国环境署、瑞典发展援助局、韩国丽水项目、日本海洋政策研究基金会等。中国、日本、韩国、新加坡每年都有捐赠，支持秘书处的业务和人员工资。自2007年起，中国每年捐赠100万人民币。

PEMSEA的具体职责包括：1， 发展伙伴关系，筹集资金，组织实施《东亚海可持续发展战略》，提高气候变化防御能力，降低溢油等人为事故的灾害和损失，包括生物多样性，实施生物渔业战略，促进水资源利用的效率，降低海洋污染。2， 举办三年一届的东亚海大会，回顾战略的实施进展，交流实施经验，部长会议并为PEMSEA的发展方针和策略。3， 举办东亚海伙伴关系理事会和执委会会议，监督部长会宣言的实施情况；4， 建立和发展PEMSEA地方政府网络、海岸带综合管理大学网络、PEMSEA可持续企业网络、青年论坛等网络和平台，促进东亚海区域不同团体之间的交流，推动《东亚海可持续发展战略》的投资。5， 组织培训，发挥大学网络成员的作用，提高地方政府实施海岸带综合管理的能力；6， 推广海岸带综合管理标准化建设，组织地方政府实施海岸带综合管理的认证工作。