接合菌门（学名：Zygomycota）是一类真菌。 其孢子分为有性及无性两种，有性生殖为接合孢子，无性生殖为孢囊孢子；此门菌物的菌丝属于“无隔多核”。

传统上依据形态将真菌分为接合菌门（Zygomycetes）、子囊菌门(Ascomycetes)、及担子菌门(Basidiomycetes)，然而许多传统上因为形态简单被视为接合菌的真菌因为分子证据而被移入子囊菌（如青霉菌、黑霉菌）；分子证据也显示接合菌是一个旁系群。因为过去的研究较少，加上系统发生学不断引入各种新的分子技术和统计学模型，真菌的分类目前时常发生大幅变动，目前较新的分类方式是将接合菌分成下列四支：

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