日本气象厅命名台风，指的是因严重影响日本，而被日本气象厅赋予一个特殊名称的太平洋热带气旋，至今有10个热带气旋被赋予。此习惯始于1958年，到2018年气象厅公布赋予台风特殊名称的新标准，凡风暴造成房屋被毁一千栋以上、房屋被淹超过一万栋或大规模伤亡等条件，便达到“重大损害”的标准，气象厅可以为此赋予特殊名称供后世铭记。

有别于大部分东亚和东南亚地区，日本气象厅（1956年改组前为“日本中央气象台”）在国内信息发布和出版的刊物中，会为太平洋台风定出一套有数字号码的标示方式，按排序会是“元号年＋台风第◯◯号”，其中◯◯即是数字。例如2018年（平成30年）重创关西地方的台风飞燕，在日本的编号便是“平成30年台风第21号”。除了气象厅，日本其他政府机关（例如内阁府）和日本传媒（例如日本广播协会）都会沿用气象厅的做法来描述某些热带气旋，不会采用国际命名方式。对于吹袭亚洲其他地区的热带气旋，例如2018年肆虐菲律宾和华南地区的台风山竹，气象厅也是同样以上述编号式叫法来描述，即“平成30年台风第22号”。这个安排在1953年5月起开始实施，日本中央气象台在1947年至1953年5月期间，因应盟军占领，曾采用美方命名，例如1947年在关东地方、东北地方带走逾千条人命的台风凯瑟琳，在日本则直译为“カスリーン台風”。

当某个热带气旋在日本某地区造成严重破坏或（和）带来特殊的气象观测记录，气象厅会根据台风登陆地点（除了洞爷丸台风是因单一事件而得名）为其单独命名，是为“气象厅命名台风”。气象厅命名台风始于1958年，当时台风艾达吹袭日本，为日本带来严重灾害，气象厅便于11月为此命名为“狩野川台风”，同时追溯四年前的台风曼莉，正式将它命名为“洞爷丸台风”，是特殊命名台风名单中的首两个。不过在1954年前的知名侵日台风，包括1934年室户台风、1945年枕崎台风（俱为昭和三大台风）等都没有获气象厅列入名单中。1959年，台风维娜重创伊势湾沿岸地区，气象厅为此命名为“伊势湾台风”。

1961年，台风兰茜登陆室户岬及来袭本州西部，是继室户台风后再有台风登陆这里。虽然气象厅仍然无将室户台风列入名单，但因室户台风这个名字已广为人知，所以将兰茜命名为“第二室户台风”以表尊重。1966年，台风柯娜影响美治琉球宫古岛，后来气象厅因破纪录风速，而欲为此台风命名为“宫古岛台风”。但当时属美治琉球政府邮政局的琉球气象台，早已为1959年的台风莎拉定下此名，经双方协商，日本的气象厅最终定名为“第二宫古岛台风”，同时承认莎拉为“宫古岛台风”，并列入命名台风名单。其后，1968年台风黛娜、1977年台风贝贝先后为日本带来严重灾情，分别获命名“第三宫古岛台风”及“冲永良部台风”，但自此之后到平成年代完结为止都没有再新增。

2018年，气象厅公布赋予台风特殊名称的新标准，凡风暴造成房屋被毁一千栋以上、房屋被淹超过一万栋或大规模伤亡等条件，便达到“重大损害”的标准，气象厅可以为此赋予特殊名称供后世铭记，命名格式为“元号年＋显著受灾地域／河川名＋台风”。而翌年吹袭东日本的法茜和海贝思，都达到上述标准，故此气象厅在2020年2月19日正式将这两个风暴分别命名为“令和元年房总半岛台风”和“令和元年东日本台风”，成为首两个在新制下获特殊命名的台风，亦与上一次的特殊命名相隔长达42年。同时，气象厅也向世界气象组织台风委员会提出上述两个国际名字的除名要求，为历来首次。

列表内日方名字会依日本气象厅的资料为准，并列出其巅峰强度，最高持续风速是以一分钟平均风速来计算。另外，据联合台风警报中心对热带气旋等级的定义，此列表中会以不同颜色代表不同级别的热带气旋：

台风曼莉（洞爷丸台风）

台风艾黛（狩野川台风）

台风莎拉（宫古岛台风）

台风维（伊势湾台风）

台风兰茜（第二室户台风）

台风柯娜（第二宫古岛台风）

台风贝贝（冲永良部台风）

台风法茜（令和元年房总半岛台风）

台风海贝思（令和元年东日本台风）