藤野恒三郎，（日语：藤野恒三郎／ふじの つねさぶろう Fujino Tsunesaburo，1907年1月28日－1992年8月15日），出生于日本福井县坂井郡芦原町，是日本医学家，细菌学家和病史研究人员，大阪大学和神户学院大学名誉教授。

他是藤野严九郎之侄儿，严九郎即为《藤野先生》一文中鲁迅的老师。祖父藤野升八郎为世代行医的医生。

1950年大阪发生了一起集体食物中毒事件，原因是食用遭肠炎弧菌污染的青鱼干。此事件成为藤野恒三郎发现副溶血弧菌的契机。