马耳他总督（英语：Governor-General of Malta，马耳他语：Gvernatur-Ġenerali ta' Malta），是马耳他女王伊丽莎白二世于1964年至1974年在马耳他国（英语：State of Malta）的官方代表。马耳他共和国成立后这一职位为总统所取代。