台湾的自然保护区，是为维护森林生态环境，保存生物多样性而在森林区域内设置的保护区，由行政院农业委员会核定公告。

“自然保护区”前身“国有林自然保护区”，系由台湾省政府农林厅依据“森林法”及1998年2月25日由台湾省政府订定发布的“台湾省国有林自然保护区设置管理办法”公告设置。自1999年7月1日起，国有林重归中央经营管理。2006年3月17日，台湾省政府公告废止“台湾省国有林自然保护区设置管理办法”，中央主管机关即行政院农业委员会遂于2006年4月10日依据“森林法”及2005年7月7日由农委会订定发布的“自然保护区设置管理办法”，将仅存9处“国有林自然保护区”中的6处公告为“自然保护区”。