线粒体16S RNA是一种存在于线粒体核糖体（mitoribosome，MR）39S核糖体亚基中的rRNA。在人类细胞的线粒体中，该rRNA由MT-RNR2基因编码。MT-RNR2基因还同时编码了能抑制阿尔茨海默症相关基因表达的humanin。

色氨酸代谢（犬尿氨酸酶）

嘧啶代谢（二氢乳清酸脱氢酶）

线粒体穿梭（苹果酸-天冬氨酸穿梭、甘油磷酸穿梭）

类固醇生成（胆固醇侧链裂解酶、类固醇11-β-羟化酶、醛固酮合成酶）

回补反应（天冬氨酸氨基转移酶、谷氨酸脱氢酶、丙酮酸脱氢酶复合体）

尿素循环（氨甲酰磷酸合成酶I、鸟氨酸转氨甲酰酶、N-乙酰谷氨酸合酶）

乙醇代谢（ALDH2）

三磷酸腺苷合酶（MT-ATP6、MT-ATP8）