敕愿寺（ちょくがんじ）是天皇・上皇之发愿，祈愿国家镇护・皇室繁荣等而创建的祈愿寺。寺格之一。

实际上，寺创建之后，因敕许而“成为敕愿寺”的寺也相当多。此外，成为敕愿寺可象征地位，也可获得寺领，所以从战国时代开始，也有由寺方请求而获得敕许之例。

敕愿寺之指定持续到明治时代初期为止，神佛分离令之后废止。